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晋鹏

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[交流] [优秀文章推荐]印度檀香基因组公布于世已有3人参与

印度檀香是一种重要的热带常绿树种，因其心材提炼的芳香精油及用作木刻的木材而闻名。檀香（Santalum album L. ）为檀香科植物的心材。常绿小乔木，高6～9米，具寄生根。分布印度、马来西亚、澳大利亚及印度尼西亚等地。中国台湾亦有栽培。全年可采。檀香树被称为“黄金之树”，因为它全身几乎都是宝。采得后切成小段，除去边材（制造檀香器具时，剩下的碎材，亦可利用）。檀香还具有重要的药用价值。

作者整合了基因组学、转录组学以及蛋白组学的方法用以组装和注释印度檀香的基因组。通过这一系列的方法，作者获得了目前为止木本植物中最小的一个基因组草图，基因大小为221Mb。基因组注释共预测到了38119个蛋白编码基因和27.42%的重复序列元件。深入的蛋白组分析鉴定了72325个特有的多肽，并验证了10076个预测的基因。另外的转录组和蛋白组分析共鉴定了53个新的基因，并纠正了34注释错误。蛋白组学的分析还重新定义了之前的1348个非编码RNA作为真的蛋白编码mRNA。RNA和蛋白水平的基因表达模式显示肽测序可以作为捕获由核或者细胞器基因编码的蛋白的有效方法。

基于质谱分析的蛋白鉴定提供了一个无偏蛋白鉴定方法，可用于鉴定由细胞器所编码的蛋白。由于转录组仅能够富集含poly-A尾巴的mRNA，所以这些蛋白在转录组数据中会丢失。综上，利用多组学的综合鉴定方法增加了非模式植物的组装和注释质量。本文所提供的基因组、转录组以及蛋白组的信息有利于以后对于印度檀香的基因组辅助育种、种质鉴定以及保存。

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