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swordzj858

至尊木虫 (著名写手)

[交流] 【求助】用sybyl做Surflex-Dock时如何准备配体(5金币)

请教各位,我在用sybyl做Surflex-Dock时,看到教程是
Indicate that the ligands are in a hitlist.

   Set the Ligands Source menu to SLN File.

   Enter tk.hits as the hitlist file name or use the file browser to locate the file. 不知道是什么意思?另外做单分子对接和批量对接时如何准备配体文件呢?

[ Last edited by lei0736 on 2009-11-24 at 21:55 ]
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zuoyinglin

铁杆木虫 (正式写手)


gwdavid(金币+1,VIP+0):谢谢! 3-9 12:23
自己化,保存为mol2,sdf等格式都可以,或者直接下载网上的数据库。
分享=快乐 交流=进步
2楼2009-03-08 22:04:48
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gwdavid

木虫 (著名写手)

小木虫散兵坑坑长

★ ★
yuhuobuku(金币+2):欢迎参加讨论
surflex可以同时进行多个分子的对接,这些分子存在一个文件里,二维或三维的都可以,SLN是一种二维文件格式,其实mol2,sdf等格式也都可以的,只要sybyl能认。这个的意思是需要这样一个分子list文件,你要自己画出来,存成这样的文件,或从数据库里导出,中从网上下载,主要是这三种方式
个人博客:[url]http://blog.sina.com.cn/gaiwei[/url]
3楼2009-03-08 22:33:35
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swordzj858

至尊木虫 (著名写手)

怎么给金币

谢谢,但是我编辑帖子的时候忘了扣金币了,请版主帮忙给金币吧,谢谢。

再请教一下:画好的结构还需要进行最低能量构象的优化么?

[ Last edited by swordzj858 on 2009-3-9 at 08:08 ]
4楼2009-03-09 08:06:36
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gwdavid

木虫 (著名写手)

小木虫散兵坑坑长

★ ★
lei0736(金币+2,VIP+0):谢谢 7-12 17:49
我认为对接是不需要结构优化的,因为搜索算法在空间搜索时,已经将分子都拆开了,还谈什么最优的结构可言呢,呵呵
个人博客:[url]http://blog.sina.com.cn/gaiwei[/url]
5楼2009-03-09 09:18:56
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杞实很简单

铁杆木虫 (正式写手)

★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
lei0736(金币+3,VIP+0):谢谢 7-12 17:49
配体是自己在sybyl里面画的。单分子的话就存为mol2就是了,到对接时选择mol2格式的配体对接;分子批量对接的话就把你所画的多个分子放在一个分子库里.mdb,然后通过制作MSS表单的途径,生成一个MSS表,保存这个MSS的时候,选择hitlist格式保存就是了,对接时候选择SLN格式的配体对接就是了。
6楼2009-07-12 16:00:23
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qinqin837

铜虫 (小有名气)

★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
yuhuobuku(金币+2,VIP+0):欢迎参加讨论 7-30 21:04
一般配体分子都保存在.mdb文件中,其实也可以直接用.mdb文件,只需把导入文件类型设置成SYBYL databease,这样省了文件转换的麻烦
我的ID叫qinqin837,但我不是83年7月生的哦,我没那么大……
7楼2009-07-29 21:04:34
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tjegg

铁杆木虫 (著名写手)


小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
引用回帖:
Originally posted by gwdavid at 2009-3-9 09:18:
我认为对接是不需要结构优化的,因为搜索算法在空间搜索时,已经将分子都拆开了,还谈什么最优的结构可言呢,呵呵

非常同意。
除了你的亲人,没有人应该对你好,对你好的人,一定要珍惜。
8楼2009-08-09 18:48:03
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qinqin837

铜虫 (小有名气)

★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
yjcmwgk(金币+1,VIP+0):欢迎参加交流 8-11 20:10
但是对接前的构象对对接结果影响很大,所以对接前的优化也很重要吧。。
我的ID叫qinqin837,但我不是83年7月生的哦,我没那么大……
9楼2009-08-11 17:53:52
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