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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » 【求助】用sybyl做Surflex-Dock时如何准备配体（5金币）
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swordzj858

至尊木虫 (著名写手)

[交流] 【求助】用sybyl做Surflex-Dock时如何准备配体（5金币）

请教各位，我在用sybyl做Surflex-Dock时，看到教程是
Indicate that the ligands are in a hitlist.

   Set the Ligands Source menu to SLN File.

   Enter tk.hits as the hitlist file name or use the file browser to locate the file. 不知道是什么意思？另外做单分子对接和批量对接时如何准备配体文件呢？

[ Last edited by lei0736 on 2009-11-24 at 21:55 ]
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1楼 2009-03-08 19:08:29
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zuoyinglin

铁杆木虫 (正式写手)
★
gwdavid(金币+1,VIP+0):谢谢！ 3-9 12:23
自己化，保存为mol2，sdf等格式都可以，或者直接下载网上的数据库。
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分享=快乐 交流=进步
2楼2009-03-08 22:04:48
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gwdavid

木虫 (著名写手)

小木虫散兵坑坑长
★ ★
yuhuobuku(金币+2):欢迎参加讨论
surflex可以同时进行多个分子的对接，这些分子存在一个文件里，二维或三维的都可以，SLN是一种二维文件格式，其实mol2，sdf等格式也都可以的，只要sybyl能认。这个的意思是需要这样一个分子list文件，你要自己画出来，存成这样的文件，或从数据库里导出，中从网上下载，主要是这三种方式
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个人博客：[url]http://blog.sina.com.cn/gaiwei[/url]
3楼2009-03-08 22:33:35
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swordzj858

至尊木虫 (著名写手)

怎么给金币

谢谢，但是我编辑帖子的时候忘了扣金币了，请版主帮忙给金币吧，谢谢。

再请教一下：画好的结构还需要进行最低能量构象的优化么？

[ Last edited by swordzj858 on 2009-3-9 at 08:08 ]
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4楼2009-03-09 08:06:36
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gwdavid

木虫 (著名写手)

小木虫散兵坑坑长
★ ★
lei0736(金币+2,VIP+0):谢谢 7-12 17:49
我认为对接是不需要结构优化的，因为搜索算法在空间搜索时，已经将分子都拆开了，还谈什么最优的结构可言呢，呵呵
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个人博客：[url]http://blog.sina.com.cn/gaiwei[/url]
5楼2009-03-09 09:18:56
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杞实很简单

铁杆木虫 (正式写手)
★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
lei0736(金币+3,VIP+0):谢谢 7-12 17:49
配体是自己在sybyl里面画的。单分子的话就存为mol2就是了，到对接时选择mol2格式的配体对接；分子批量对接的话就把你所画的多个分子放在一个分子库里.mdb，然后通过制作MSS表单的途径，生成一个MSS表，保存这个MSS的时候，选择hitlist格式保存就是了，对接时候选择SLN格式的配体对接就是了。
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6楼2009-07-12 16:00:23
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qinqin837

铜虫 (小有名气)
★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
yuhuobuku(金币+2,VIP+0):欢迎参加讨论 7-30 21:04
一般配体分子都保存在.mdb文件中，其实也可以直接用.mdb文件，只需把导入文件类型设置成SYBYL databease，这样省了文件转换的麻烦
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我的ID叫qinqin837，但我不是83年7月生的哦，我没那么大……
7楼2009-07-29 21:04:34
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tjegg

铁杆木虫 (著名写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
引用回帖:
Originally posted by gwdavid at 2009-3-9 09:18:
我认为对接是不需要结构优化的，因为搜索算法在空间搜索时，已经将分子都拆开了，还谈什么最优的结构可言呢，呵呵

非常同意。
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除了你的亲人，没有人应该对你好，对你好的人，一定要珍惜。
8楼2009-08-09 18:48:03
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qinqin837

铜虫 (小有名气)
★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
yjcmwgk(金币+1,VIP+0):欢迎参加交流 8-11 20:10
但是对接前的构象对对接结果影响很大，所以对接前的优化也很重要吧。。
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我的ID叫qinqin837，但我不是83年7月生的哦，我没那么大……
9楼2009-08-11 17:53:52
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