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wuhanhgf2002金虫 (正式写手)
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【共享】推荐一篇关于类药性的综述文献
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在进行合理药物设计的时候，活性往往是被最先关注的部分，此外，类药性也是一个很重要的部分，尤其在虚拟筛选中用的非常广泛。到目前为止，已经有40多种描述符来描述类药性。其中最为引人关注的几种性质即“Lipinski五规则”，它们描述了药物和人体的相容性。近来，Lobell等人基于Lipinski五规则以及一些其它的性质提出了一个全新的和药物口服吸收相关的规则，起名为“Traffic Lights”，它们是“分子重量，脂溶性，溶解性，极性以及可旋转键数目”。不论是那种规则，它们都把药物定位于一个多维的特性空间。在这个多维的空间中，所有的药物描述符都被认为是空间中的一个点，一个药物由各种各样的描述符来定义它在空间中的方位。在众多描述符中，有一个和分子柔性相关的描述符，即分子的可旋转键数目。这个描述符在多维空间中看似是一个点，但是它的 背后却隐藏了很多信息。比如，有多个柔性键的分子，将会有多种分子构象，那么对于每一种构象来说，其它的描述符将会有不同的数值，换句话说就是不同构象的分子将会有不同的物理化学性质。那么要想定义一个分子的多维特性空间，要么取多种构象所得到的物理化学性质的平均值，要么就定义更加复杂的特性空间。对于后者来说，在这个空间中，一个药物的很多性质其实并不是一个点，而是一个区间，这个区间恰好和药物的构象空间是相关的，它的构象空间越复杂，那么这个物理化学特性的区间就越复杂。因此，这个多维特性空间中的描述符被分成两类：一类是描述符的变化范围。另外一类描述符是动态的，它和分子的构象空间以及其它描述符的变化相关，随着它们的变化而变化。虽然分子的构象和特性空间部分相关，分子构象的变化会影响特性空间中部分描述符的变化，从众多研究中发现分子构象的变化即分子的柔性与特性空间中描述符的变化的比值是恒定的，因此就定义了一个新的概念叫分子的敏感性。这个敏感性也是评价类药性的一个关键描述符。 文献太大传不上去，我给出了文献链接。 http://www.sciencedirect.com/science?_ob=ArticleURL&_udi=B6T64-4RKVD3Y-1&_user=1529636&_rdoc=1&_fmt=&_orig=search&_sort=d&view=c&_acct=C000053552&_version=1&_urlVersion=0&_userid=1529636&md5=45f088b3c7b6a436944691be3d9e52a5 [ Last edited by lei0736 on 2009-11-24 at 21:14 ] |
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2004年底 Nature就专门讨论过这个
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lei0736(金币+4,VIP+0):谢谢 7-11 10:05
lei0736(金币+4,VIP+0):谢谢 7-11 10:05
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http://www.nature.com/nature/insights/7019.html nature 2004 Vol 432 No 7019 (Insight) pp823-865 Chemical space PETER KIRKPATRICK AND CLARE ELLIS Nature Reviews Drug Discovery "Space", as Douglas Adams famously said "is big. You just won't believe how vastly, hugely, mind-bogglingly big it is". Change 'space' to 'chemical space', and his statement has similar resonance: the total number of possible small organic molecules that populate 'chemical space' has been estimated to exceed 1060 — an amount so vast when compared to the number of such molecules we have made, or indeed could ever hope to make, that it might as well be infinite. So, it is not surprising that our exploration of chemical space has so far been extremely limited. Taking the analogy further, just as much of astronomical space is a void, much of chemical space contains nothing of biological interest. But rarely, and often through serendipity rather than design, we have identified 'stars' in chemical space — molecules that can modulate biological processes. These molecules have formed much of the basis of our fight against disease and have greatly aided our understanding of biological systems. But such successful finds have been hard to come by, in part because of our lack of understanding of chemical space. Given that its enormous size makes a thorough exploration of chemical space impossible, a key question is how we should best direct our efforts towards regions of chemical space that are most likely to contain molecules with useful biological activity. This question is a central theme of the articles in this Insight, which were inspired by the Horizon Symposium on 'Charting Chemical Space: Finding New Tools to Explore Biology', the fourth in a series of unique scientific discussion meetings run by Nature Publishing Group and Aventis. We are pleased to acknowledge the support of Aventis in producing this Insight. As always, Nature carries sole responsibility for all editorial content and peer review. introduction Chemical space 823 PETER KIRKPATRICK AND CLARE ELLIS doi:10.1038/432823a Chemical space and biology 824 CHRISTOPHER M. DOBSON doi:10.1038/nature03192 review articles Lessons from natural molecules 829 JON CLARDY AND CHRISTOPHER WALSH doi:10.1038/nature03194 Natural and engineered nucleic acids as tools to explore biology 838 RONALD R. BREAKER doi:10.1038/nature03195 Exploring biology with small organic molecules 846 BRENT R. STOCKWELL doi:10.1038/nature03196 Navigating chemical space for biology and medicine 855 CHRISTOPHER LIPINSKI (提出类药性‘5’原则的人) AND ANDREW HOPKINS doi:10.1038/nature03193 commentary Virtual screening of chemical libraries 862 BRIAN K. SHOICHET doi:10.1038/nature03197 [ Last edited by yalefield on 2009-3-8 at 02:28 ] |
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