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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 【求助】insightII如何加入水溶液环境？
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lvyanniwin

木虫 (正式写手)

[交流] 【求助】insightII如何加入水溶液环境？

各位好：
      文献中说保持DNA在水溶液环境中，目前使用的软件是insightII,请问如何加入水溶液环境？

[ Last edited by zdhlover on 2009-11-28 at 13:51 ]
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1楼 2009-03-07 10:06:35
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zuoyinglin

铁杆木虫 (正式写手)
★
yuhuobuku(金币+1,VIP+0):欢迎参加讨论 3-7 17:01
没用过insightII，我用过amber，里面有相应功能。
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分享=快乐 交流=进步
2楼2009-03-07 14:18:13
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superdirac

木虫 (正式写手)
★
gwdavid(金币+1,VIP+0):谢谢！ 3-7 23:53
用namd的话,加水只是一个很简单的命令!呵呵!
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我认为，酒一口一口喝，路一步一步走~步子迈大了，喀~容易扯着蛋
3楼2009-03-07 20:39:23
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tjegg

铁杆木虫 (著名写手)
★ ★
gwdavid(金币+2,VIP+0):谢谢！ 3-7 23:53
1。InsightII中的Discover在做力学和动力学优化时，已经考虑了溶剂效应。
2。可以在体系中加入水盒子，作优化。
赞一下(10人) 回复此楼
除了你的亲人，没有人应该对你好，对你好的人，一定要珍惜。
4楼2009-03-07 23:41:25
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gwdavid

木虫 (著名写手)

小木虫散兵坑坑长
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
lvyanniwin(金币+6,VIP+0):o 找的就是这个 3-8 09:16
xuefei06(金币+2,VIP+0):thanks！ 3-8 13:56
InsightII中第一行菜单命令在后半部分的传闻至位置有个，菜单名还真忘了，因为不在服务器旁边，没法查，拉下来里面就有个soak的命令就是用来加水的，你看看吧
赞一下(12人) 回复此楼
个人博客：[url]http://blog.sina.com.cn/gaiwei[/url]
5楼2009-03-07 23:51:19
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dolphin100

木虫 (正式写手)
★ ★ ★ ★ ★
lvyanniwin(金币+4,VIP+0):很好 3-8 09:21
xuefei06(金币+1,VIP+0):thanks！ 3-8 13:56
assembly  soak  choose the type of water
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Constanteffortscanyieldsuresuccess!
6楼2009-03-08 00:15:49
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