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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » 【求助】sybyl7.3的打开命令【3金币】
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swordzj858

至尊木虫 (著名写手)

[交流] 【求助】sybyl7.3的打开命令【3金币】

请教各位：我在VMware虚拟机安装的linux下安装了sybyl7.3，安装完成后不知怎么打开sybyl程序，我用过sybyl，sybyl7.3的命令都不行，请各位不吝赐教

[ Last edited by lei0736 on 2009-11-24 at 21:11 ]
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1楼 2009-03-05 18:13:31
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iewwdw

木虫 (小有名气)
★ ★ ★ ★
lei0736(金币+1,VIP+0):谢谢 3-18 08:58
swordzj858(金币+3,VIP+0):thanks 3-24 07:47
是不是要进入root目录才可以啊
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2楼2009-03-06 11:10:13
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子陵263

木虫 (正式写手)
啊 大哥这样也可以啊 我也研究下 我也想在自己的电脑上装个，老去实验室累死了
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3楼2009-03-17 12:12:13
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robertpeter2005

木虫 (正式写手)
★ ★ ★
lei0736(金币+3,VIP+0):谢谢 4-20 18:36
进入文件sybyl所在目录后再打sybyl命令，或者设置一下环境变量，然后在什么目录下都可以直接输入sybyl就可以进入sybyl勒，当然前提条件是你安装过程中没有什么错误，顺利完整安装完毕后。
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4楼2009-04-11 14:16:33
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qustwq

木虫 (正式写手)
★ ★
gwdavid(金币+2,VIP+0):3q 6-1 09:20
下面是我在自己笔记本上装sybyl7.3时找到的教程，你看一下吧！
WS-U4下安装SYBYL7.3
虚拟机安装的经验，想试的可以试试，我重复成功才放出来的：
A.安装：
用虚拟机--可移动设备把iso文件挂到linux的 /mnt/cdrom/ 。cd 回根目录/，运 行/mnt/cdrom/install.sh进行安装，最好前3个CD的全部安装。

B.我是用root建目录/tripos和/usr/local/flexlm/licenses,改权限为普通用户读写， sybyl7.3安装在/tripos/sybyl 。安装完，复制CD1的crack文件夹到/tripos，进入carck 文件夹，复制license.dat到/usr/local/flexlm/licenses/，用文本编辑器打开 license.dat，另存到/tripo/AdminTools10.8/tables/,名字为license_file的文本文件。

C.每次reset进入系统普通用户后，终端下进入/tripos/AdminTools10.8/bin/linux，运行 ./lmgrd triposlm ，如果最后一行出现(lmgrd) triposlm using TCP-port 12345 就没问 题了，每次reset只要运行一次./lmgrd triposlm 或者在注销时保存当前设置，以后就不 用运行这个命令了。运行/tripos/sybyl/bin/linux/sybyl ，就可以进去sybyl7.3的gui  。

安装完的出现license找不到的说明tables下没有license_file这个文件，出现CPU等提示 的，说明licenses下没有license.dat这个文件或有了文件没有运行./lmgrd triposlm 。 安装好的直接从步骤B开始试。

假设sybyl7.3的4个cd在/tmp/sybyl73/里面
打开第一个终端
＄su
password
#mkdir -p /biosoft/tripos
#chmod -R 777 /biosoft/tripos/
#mkdir -p /usr/local/flexlm/licenses/
#chmod -R 777 /usr/local/flexlm/licenses/
#mount -t iso9660 -o loop /tmp/sybyl73/Tripos.Sybyl.v7.3.UNiX.ISO-TBE-CD1.iso  /media/cdrecorder/
#cp /media/cdrecorder/crack/license.dat /biosoft/tripos/
此时开第二个终端,目的是在普通用户下安装sybyl7.3
＄/media/cdrecorder/install.sh
安装目录选/biosoft/tripos/sybyl/
license文件选择/biosoft/tripos/里面的,不选/media/cdrecorder/crack/里面的是因为 后面的做法影响接下来的umount.
浏览器选/usr/bon/mozilla
提示换cd2时候,在第一个终端里:
#umount /media/cdrecorder/
#mount -t iso9660 -o loop /tmp/sybyl73/Tripos.Sybyl.v7.3.UNiX.ISO-TBE-CD2.iso  /media/cdrecorder/
提示换cd3时候,在第一个终端里:
#umount /media/cdrecorder/
#mount -t iso9660 -o loop /tmp/sybyl73/Tripos.Sybyl.v7.3.UNiX.ISO-TBE-CD3.iso  /media/cdrecorder/
提示换cd4时候,在第一个终端里:
#umount /media/cdrecorder/
#mount -t iso9660 -o loop /tmp/sybyl73/Tripos.Sybyl.v7.3.UNiX.ISO-TBE-CD4.iso  /media/cdrecorder/
安装完毕后,在在第一个终端里:
#umount /media/cdrecorder/
#ls /biosoft/tripos/AdminTools10.8/tables/(确认里面存在license_file与否,如果没 有,用文本编辑器打开后面说到的license.dat,然后另存为license_file)
#cp /biosoft/tripos/license.dat /usr/local/flexlm/licenses/
#cd /biosoft/tripos/AdminTools10.8/bin/linux/
#./lmgrd triposlm
#/biosoft/tripos/sybyl/bin/linux/sybyl

注消是选择"保存当前设置",下次可以用"运行应用程序"--下箭头下拉选 择/biosoft/tripos/sybyl/bin/linux/sybyl--"带文件运行",同时选择"在终端里运行"以 后用"运行应用程序"运行sybyl就很方便了.



太长名字的在终端输入麻烦，有个技巧，在输入前面一到几个字符后，可以点击tab键来补 充到出现该目录里相似文件名出现差异的地方为止，比如Tripos.Sybyl.v7.3.UNiX.ISO- TBE-CD1.iso ，在输入T点tab键会补充到Tripos.Sybyl.v7.3.UNiX.ISO-TBE-CD，接着打1 ，变为Tripos.Sybyl.v7.3.UNiX.ISO-TBE-CD1，再点tab，就成 Tripos.Sybyl.v7.3.UNiX.ISO-TBE-CD1.iso了，这样输入就又快又很少出错。

讨论还可以到http://www.biolover.com/dvbbs/dispbbs.asp?boardid=11&id=11183

原文出自:发仔~
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5楼2009-06-01 09:16:26
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gwdavid

木虫 (著名写手)

小木虫散兵坑坑长
★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
lei0736(金币+2,VIP+0):谢谢 6-1 10:20
关键在于这几句：
#cd /biosoft/tripos/AdminTools10.8/bin/linux/
#./lmgrd triposlm
#/biosoft/tripos/sybyl/bin/linux/sybyl
就可以打开了，一开始打不开是你环境变量没设
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个人博客：[url]http://blog.sina.com.cn/gaiwei[/url]
6楼2009-06-01 09:20:34
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子陵263

木虫 (正式写手)
楼上的就是正解，我的就是这样打开的
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7楼2009-06-02 19:54:01
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louis_yang

★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
怎么设置环境变量啊？就是让所有的用户都能打开的那种
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8楼2009-06-03 21:02:45
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杞实很简单

铁杆木虫 (正式写手)
★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
lei0736(金币+3,VIP+0):谢谢 7-13 14:50
呵呵，楼主是说的这个命令吧
在终端中先打入这个/tripos/AdminTools10.8/bin/linux/lmgrd triposlm
然后系统出现TCP 12345 说明正常的；
然后输入/tripos/sybyl/bin/linux/sybyl
就能进入sybyl主界面了
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9楼2009-07-13 11:28:14
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qustwq

木虫 (正式写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
我重启机器以后再启动sybyl7.3时出现以下问题怎么解决啊？求高手指点一下。
Trying to open display on ":0.0"
Using terminal type "OGLX"
SYBYL 7.3 (linux_os2x), Created Oct 23, 2006
Copyright 1991-2006 Tripos, Inc., All Rights Reserved.
This material contains confidential and proprietary information of
Tripos, Inc. furnished under license agreement. This material may be
used or copied only in accordance with the terms of the agreement.
Molecular Silverware copyright (c) 1990 Rohm and Haas Company, All Rights
Reserved.
LICENSING MESSAGE: CPU: This platform not authorized by license. (-89,310).
Could not obtain a CPU license.

FATAL: License Management Detected Errors
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10楼2009-07-16 17:43:35
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