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peptide2882木虫 (正式写手)
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【讨论】菜鸟学GAMESS的心得
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我是做合成的，计算一窍不通，由于实际的需要，要接触一下计算，选了WINGAMESS软件，想记录一下自己的学习过程，既有利于得到高手的批评指正，也有利于给更新的菜鸟一些参考。 我计算的东西是一个二肽，目的是算出其肽键由顺式异构化变成反式的能垒，以及顺反之间的能量差。 首先明确要算的内容是顺式的能量、反式的能量，以及过渡态的能量。 通过近几天努力的看以及试着运行例子文件，我认为我应该做的是：先用CHEM3D画出顺式的结构和反式的结构，借助于CHEM3D，可以将这两个结构能量优化一下，然后保存为GAMESS的输入文件； 第二步，编辑这个输入文件，用尽可能的方法基组及计算命令完善这个输入文件； 第三步，运行GAMESS，优化这两个结构，分别计算出顺式文件的局域最小能和反式文件的全局最小能，这样就得到了顺式和反式的能量。 第四步，借助于顺式和反式的优化文件，选用合适的寻找过渡态的命令来计算出过渡态的能量（过渡态要经过频率计算验证）。 有了这三个能量值，我想要的结果就出来了。这只是我现在脑子里的蓝图，具体还没操作，因为还在看说明，熟悉应该选什么样的关键词和命令，所以很想请高手为我点评，我的蓝图是否合理。谢谢阿！ [ Last edited by woshilsh on 2009-6-13 at 21:56 ] |
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yuhuobuku(金币+2):欢迎参加讨论
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$CONTRL UNITS=ANGS COORD=CART RUNTYP=OPTIMIZE SCFTYP=RHF NPRINT=-5 ICHARG= 0 MULT= 1 $END $SYSTEM MWORDS=64 TIMLIM=600 $END $BASIS GBASIS=N31 NGAUSS=6 NDFUNC=1 NPFUNC=1 $END $STATPT NSTEP=50 $END $DATA TRANSYP C1 N 7.0 -0.281415 -0.124239 -1.378643 ... ... ... H 1.0 1.481809 4.703412 0.529619 $END 运行后的结果（最后一步）： BEGINNING GEOMETRY SEARCH POINT NSERCH= 44 ... COORDINATES OF ALL ATOMS ARE (ANGS) ATOM CHARGE X Y Z ------------------------------------------------------------ N 7.0 0.4283683335 -0.6840080284 -2.0453794122 。。。 。。。 。。。 RHF SCF CALCULATION -------------------------- DENSITY MATRIX CONV= 1.00E-05 。。。 ----------------- DENSITY CONVERGED ----------------- FINAL RHF ENERGY IS -1271.6820009334 AFTER 9 ITERATIONS ...... END OF RHF CALCULATION ...... ***** FAILURE TO LOCATE STATIONARY POINT, NSERCH= 45 ***** TOO LITTLE TIME TO DO ANOTHER POINT, TIME USED= 35392.3 TIMLIM GIVEN= 36000.0 NEXT POINT NEEDS= 1179.7 SECONDS UPDATED HESSIAN, GEOMETRY, AND VECTORS WILL BE PUNCHED FOR RESTART **** THE GEOMETRY SEARCH IS NOT CONVERGED! **** |
7楼2009-03-10 10:01:45
loovfnd
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2楼2009-03-05 16:51:07
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我宁愿是后者
3楼2009-03-05 17:10:46
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今天用上面的思路壮着胆做了一下，手动画的顺式和反式经初步的EM后保存为输入文件，寻找最小能量，HF/6-31G，SCFTYP=RHF， RUNTYP=OPTIMIZE，GUESS=HUCKEL...共38个原子的体系，顺、反式各跑了一个多小时，表观上看顺利的跑完，怀着激动的心情打开out文件看了看，没有看到希望看到的顺式能量比反式能量高的结果，二者基本都是在-1270左右（单位是kcal/mol吗？），而且最致命的是给出了一句话，“寻找全局最低点失败，未收敛”。 其实自己并不知道这样设置参数是否合理，只是看文献上类似的计算用的这中设置，就照葫芦画瓢了，包括对称性的设置我也不太懂，不知道二肽属于什么对称，默认了个C1 （有知道的朋友给咱提示一下呗），今天最大的收获就是第一次算出个东西来，并且有了个计算时间的概念，还得继续努力修改输入文件啊  如果朋友们看到有不妥的地方，非常希望能不吝赐教  |
4楼2009-03-07 00:37:51
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