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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » 【讨论】菜鸟学GAMESS的心得
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loovfnd

至尊木虫 (著名写手)
结果怎么样了啊？
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莫强求！
11楼2009-03-10 20:38:48
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peptide2882

木虫 (正式写手)
★ ★ ★
yuhuobuku(金币+3):欢迎参加讨论
我还没开始做过渡态呢，连顺式都没开始算，一直在优化反式，现在主要的问题是不收敛，看了上面老虎大王的建议，有那么点开窍了，我前面只知道瞎改优化参数，而不是有的放矢，老虎大王说：“收敛的标准好像是在$STATPT 中的OPTTOL变量”，我对着说明看了看，知道默认的收敛标准是0.0001（说明原文：OPTTOL = gradient convergence tolerance, in Hartree/Bohr.
      Convergence of a geometry search requires the largest component of the gradient to be less than OPTTOL, and the root mean square gradient
less than 1/3 of OPTTOL. (default=0.0001)）
而我的计算中，每次跑完50步，都基本从零点几接近0.0002了，因此我把RMS最低的一组的坐标重新拷回输入文件，又跑了50步，终于在其中发现能量最小的那组的RMS低于0.0001了，是0.000083，可是结果还显示没收敛：  
MAXIMUM GRADIENT =  0.0002357    RMS GRADIENT = 0.0000831
          HESSIAN UPDATED USING THE BFGS FORMULA
          ACTUAL ENERGY CHANGE WAS  -0.0000086726
          PREDICTED ENERGY CHANGE WAS  -0.0000068772 RATIO=  1.261
          MIN SEARCH, CORRECT HESSIAN, TRYING PURE NR STEP
          NR STEP HAS LENGTH         =   0.125972
          RADIUS OF STEP TAKEN=   0.12597  CURRENT TRUST RADIUS=   0.15972
..
..
  ***** FAILURE TO LOCATE STATIONARY POINT, TOO MANY STEPS TAKEN *****
     UPDATED HESSIAN, GEOMETRY, AND VECTORS WILL BE PUNCHED FOR RESTART
**** THE GEOMETRY SEARCH IS NOT CONVERGED! ****

  是不是还得比0.0001低到一定程度才认为收敛呢，貌似不能只看RMS，还有gradient也得符合标准，我又把最新的坐标进一步优化试，如果在不行，可能得考虑这个收敛是不是和别的因素有关。

[ Last edited by peptide2882 on 2009-3-10 at 22:08 ]
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终于变成木虫了
12楼2009-03-10 21:43:32
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peptide2882

木虫 (正式写手)
泪奔啊，出结果了：
MAXIMUM GRADIENT =  0.0000414    RMS GRADIENT = 0.0000109

      ***** EQUILIBRIUM GEOMETRY LOCATED *****
看来真得把每次最优的坐标当成下一步的输入文件坐标阿（或者可以直接加长搜索步数，我每次都限定50步），终于看到这行单词了，下面的工作是顺式和更难的过渡态了。明天出去找找工作，回来再继续算。
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终于变成木虫了
13楼2009-03-10 23:46:04
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老虎大王

木虫 (著名写手)
★ ★ ★
yuhuobuku(金币+3):欢迎参加讨论
呵呵。你要注意说明书里的话：
OPTTOL = gradient convergence tolerance, in Hartree/Bohr.
      Convergence of a geometry search requires the largest component of the gradient to be less than OPTTOL, and the root mean square gradient
less than 1/3 of OPTTOL. (default=0.0001)）

这个话的意思是说，最大能量梯度要小于OPTTOL，而均方根梯度(root mean square gradient, 即RMS gradient)要小于OPTTOL的1/3。注意这里有两个条件。

你在12楼中贴出来的
MAXIMUM GRADIENT =  0.0002357    RMS GRADIENT = 0.0000831
两个条件都不满足。0.0000831是RMS， 不是最大梯度。

你在13楼中贴出来的
MAXIMUM GRADIENT =  0.0000414    RMS GRADIENT = 0.0000109
则同时满足了两个条件。
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14楼2009-03-11 12:03:11
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peptide2882

木虫 (正式写手)
恩，谢谢啊，GAMESS自带的说明虽然很全，但我觉得写得不是很生动，对于一个初学者或没有量子化学基础的人来说，有时候即使看懂每个单词的意思，也领会不出它的真正意思，但在朋友们的点拨下，往往能达到一语惊醒梦中人的作用，非常感谢热心的回帖啊
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终于变成木虫了
15楼2009-03-11 21:49:31
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peptide2882

木虫 (正式写手)
最近忙着联系工作,计算也在断断续续的试, 结果一直不好, 可咋整啊, 理论上反式能量更低, 顺式能量应该更高, 可是我的结果算了好几遍, 跟理论正好相反,顺式能量反而比反式的低, 是不是我的输入文件有问题,
我是这样做的初始坐标:  反式:Chem3D默认的结构;
                                 顺式: 在反式的基础上把键手动旋转成顺式.
顺式和反式Chem3D简单能量最小化后保存为GAMESS输入文件,然后对命令作些完善,但顺反二者的命令是保持一致的， 是不是我手动调成顺式的做法不正确呢,应该怎样好呢,望高手指点,谢谢
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终于变成木虫了
16楼2009-03-22 21:44:46
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lei0736

荣誉版主 (职业作家)

优秀版主
谢谢 大讨论啊
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17楼2009-06-13 21:51:33
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