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gutidog

金虫 (小有名气)

[交流] 【求助】EB会与单链DNA结合引起荧光增强吗?

如题,在实验中发现,在EB溶液中仅仅加入单链引物,也会使荧光有显著增强,一开始怀疑我的引物有问题,后来问订购的那个公司,可是合成部的人告诉我如果单链中有碱基G,EB也能与其结合,是这样吗?后来查资料也没得到具体的答案。不知是否有人碰到过这个问题,请教了,谢谢!
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三磷酸腺苷

铁杆木虫 (职业作家)


350784478(金币+1,VIP+0):感谢参与 9-16 17:17
??
我只知道EB对单链DNA的嵌入性很差
比如逆转录后的cDNA跑出来是模模糊糊的
还有我做BSP,重亚硫酸盐处理后的DNA跑胶也是模模糊糊的
用EB染
可能用其他染料会好些
2楼2009-03-05 13:08:01
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hihoney

铁杆木虫 (职业作家)


单链可以用EB染的。
3楼2009-03-05 13:17:29
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liontears

金虫 (初入文坛)

而且有可能是引物形成二聚体,导致EB的信号强一些。
4楼2009-03-05 13:38:05
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sutao1979

木虫 (著名写手)

小木虫10年groupleader

EB主要是和双链DNA结合,但是和单链结合的效率比较低,所以,即使结合的话,荧光检测效果也不会太好。
会当凌绝顶,一览众山小
5楼2009-03-05 17:11:29
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hihoney

铁杆木虫 (职业作家)



小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
单链染色可以看得见,只是小片段要用高浓度的胶才不会有大的扩散。
6楼2009-09-16 16:04:22
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wangqk198738

金虫 (正式写手)

有肯呢的吧


小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
我看过的POB上说过单链的RNA可以结合EB的,但是还没发现有过单链DNA能结合的,看上面的一位老兄说要是二聚的话就有可能,我觉得也有可能,但是一般二聚引物早就跑出去了,我觉得还是自身的聚合可能性跟大些,毕竟有很多的回文结构还是有肯能的,不知道各位同意否?再者,单链DNA也不是没有高级结构啊,就像RNA一样。有了高级结构如果电泳液pH影响不大,就要粘上EB了。不尽的地方望大家批评一下。
7楼2009-09-16 17:06:18
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hihoney

铁杆木虫 (职业作家)



小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
跑的引物就可以看得见。

引物都 会有 二聚体 吧。
8楼2009-09-16 17:51:48
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