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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » MS » 求助：含有2300个原子的盒子运行动力学估计要多久？
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点点儿

金虫 (小有名气)

[交流] 求助：含有2300个原子的盒子运行动力学估计要多久？

含有2300个原子的盒子运行动力学估计要多长时间？？我的都运行40个小时了才三分之一，这样下去做个实验还不得半年啊。。。初学，迷茫。。。
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1楼 2009-03-04 19:53:39
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qasd

木虫 (著名写手)
★
wuli8(金币+1,VIP+0):(*^__^*) 3-5 09:19
说一下你的动力学方法和计算机配置
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2楼2009-03-04 22:20:00
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renwenpo

金虫 (小有名气)
★
wuli8(金币+1,VIP+0):(*^__^*) 3-5 09:19
和你的电脑配置和运行的动力学时间关系比较大。2300个原子对动力学来说不是大体系
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3楼2009-03-05 08:19:30
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cel0303

铁杆木虫 (小有名气)
看你跑多久啊，和机器配置也有关系，2000多不大的
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4楼2009-03-05 08:57:16
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老虎大王

木虫 (著名写手)
★
qasd(金币+1,VIP+0):xiexie 3-5 12:21
你运行40个小时了才三分之一，那么运行完大约需要120小时，也就是5天。用微机的话，偶尔这样来一下来可以，经常这样干的话，恐怕不行吧。建议你不要算这么大的任务。
你只有2300个原子么？这样的原子数目对于现在的微机不算什么。是不是你定的步数太长了？
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5楼2009-03-05 12:17:05
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点点儿

金虫 (小有名气)
谢谢大家的指点！
我采用的NPT系综，动力学时间为150ps，每步时间为1fs，总共运行150000步。

另外，equilibration time 是指什么？默认值5ps用改么？
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6楼2009-03-05 14:30:40
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点点儿

金虫 (小有名气)
补充：电脑配置是比较高的，这个没有问题
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7楼2009-03-05 14:31:22
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bay__gulf

金虫 (著名写手)

刘苏州
★ ★ ★
wuli8(金币+3,VIP+0):(*^__^*)谢谢，辛苦了。 3-5 18:36
discover中可以设置选择cpu 的个数的(setup>jobcontrol)，你可以把全部全部cpu 都用上试试看。
如果还是不行的话建议换一个软件。比如gromacs，namd等，这些的速度远远大于ms，并且免费。
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8楼2009-03-05 17:08:23
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qasd

木虫 (著名写手)
150ps很短
你的范德华力和库伦力的处理方法都是什么？
引用回帖:
Originally posted by 点点儿 at 2009-3-5 14:30:
谢谢大家的指点！
我采用的NPT系综，动力学时间为150ps，每步时间为1fs，总共运行150000步。

另外，equilibration time 是指什么？默认值5ps用改么？

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9楼2009-03-05 18:38:12
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老虎大王

木虫 (著名写手)
★
wuli8(金币+1,VIP+0):(*^__^*) 3-5 22:45
2300个原子，15万步，不会这样耗时的。
1。是不是2300个原子啊？
2。 是不是经典MD啊？
3。 你的势函数截断是否太长了？
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10楼2009-03-05 19:02:06
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