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点点儿

金虫 (小有名气)

[交流] 求助:含有2300个原子的盒子运行动力学估计要多久?

含有2300个原子的盒子运行动力学估计要多长时间??我的都运行40个小时了才三分之一,这样下去做个实验还不得半年啊。。。初学,迷茫。。。
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qasd

木虫 (著名写手)


wuli8(金币+1,VIP+0):(*^__^*) 3-5 09:19
说一下你的动力学方法和计算机配置
2楼2009-03-04 22:20:00
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renwenpo

金虫 (小有名气)


wuli8(金币+1,VIP+0):(*^__^*) 3-5 09:19
和你的电脑配置和运行的动力学时间关系比较大。2300个原子对动力学来说不是大体系
3楼2009-03-05 08:19:30
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cel0303

铁杆木虫 (小有名气)

看你跑多久啊,和机器配置也有关系,2000多不大的
4楼2009-03-05 08:57:16
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老虎大王

木虫 (著名写手)


qasd(金币+1,VIP+0):xiexie 3-5 12:21
你运行40个小时了才三分之一,那么运行完大约需要120小时,也就是5天。用微机的话,偶尔这样来一下来可以,经常这样干的话,恐怕不行吧。建议你不要算这么大的任务。
你只有2300个原子么?这样的原子数目对于现在的微机不算什么。是不是你定的步数太长了?
5楼2009-03-05 12:17:05
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点点儿

金虫 (小有名气)

谢谢大家的指点!
我采用的NPT系综,动力学时间为150ps,每步时间为1fs,总共运行150000步。

另外,equilibration time 是指什么?默认值5ps用改么?
6楼2009-03-05 14:30:40
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点点儿

金虫 (小有名气)

补充:电脑配置是比较高的,这个没有问题
7楼2009-03-05 14:31:22
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bay__gulf

金虫 (著名写手)

刘苏州

★ ★ ★
wuli8(金币+3,VIP+0):(*^__^*)谢谢,辛苦了。 3-5 18:36
discover中可以设置选择cpu 的个数的(setup>jobcontrol),你可以把全部全部cpu 都用上试试看。
如果还是不行的话建议换一个软件。比如gromacs,namd等,这些的速度远远大于ms,并且免费。
8楼2009-03-05 17:08:23
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qasd

木虫 (著名写手)

150ps很短
你的范德华力和库伦力的处理方法都是什么?
引用回帖:
Originally posted by 点点儿 at 2009-3-5 14:30:
谢谢大家的指点!
我采用的NPT系综,动力学时间为150ps,每步时间为1fs,总共运行150000步。

另外,equilibration time 是指什么?默认值5ps用改么?

9楼2009-03-05 18:38:12
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老虎大王

木虫 (著名写手)


wuli8(金币+1,VIP+0):(*^__^*) 3-5 22:45
2300个原子,15万步,不会这样耗时的。
1。是不是2300个原子啊?
2。 是不是经典MD啊?
3。 你的势函数截断是否太长了?
10楼2009-03-05 19:02:06
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