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acnes

金虫 (正式写手)

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[交流] 【求助】关于一个有机分子的吸收光谱计算

想要计算一个有机分子的光谱性质，分子有60多个原子，文献上只给出了核磁，紫外还有发射的数据。不知道这个初始构型该如何确定，自己就设计了很多初始构型使用b3lyp方法进行优化比对，最后选择了一个能量最低，没有虚频的构型。然后就在这个构型的基础上使用b3lyp/td chcl3溶剂计算了它的吸收，可是结果和实验值就是对不上，实验值文献给出了紫外吸收的3个峰的数值，其中波长最大的是400多，而我的计算结果中却找不到这样的峰，还有就是最大吸收峰没有文献数据的大，我的感觉中计算值一般都比实验值大些。
不知道是自己的初始构型有问题还是光谱计算中有问题
望高手赐教！

[ Last edited by acnes on 2009-3-4 at 15:36 ]

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1楼 2009-03-04 15:32:29

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lsgan

木虫 (正式写手)

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专业: 天然药物化学

★ ★ ★
xuefei06(金币+2,VIP+0):thanks！ 4-10 23:36
loovfnd(金币+1,VIP+0):有时间把这写出来吧，好资源。 4-27 21:17

首先要进行构象分析，其次才是计算！
构象分析常用方法：构象搜索、PES scan势能面扫描等等！
一个化合物可能有多种构象，根据能量呈玻尔兹曼分布

将各种最低能量态所得结果，根据其分布率进行加合，才得出最后结果！

构象搜索可以用Spartan、sybyl等软件来做，PESscan可以用gaussian等。

[ Last edited by lsgan on 2009-4-10 at 17:34 ]