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acnes

金虫 (正式写手)

[交流] 【求助】关于一个有机分子的吸收光谱计算

想要计算一个有机分子的光谱性质,分子有60多个原子,文献上只给出了核磁,紫外还有发射的数据。不知道这个初始构型该如何确定,自己就设计了很多初始构型使用b3lyp方法进行优化比对,最后选择了一个能量最低,没有虚频的构型。然后就在这个构型的基础上使用b3lyp/td chcl3溶剂计算了它的吸收,可是结果和实验值就是对不上,实验值文献给出了紫外吸收的3个峰的数值,其中波长最大的是400多,而我的计算结果中却找不到这样的峰,还有就是最大吸收峰没有文献数据的大,我的感觉中计算值一般都比实验值大些。
不知道是自己的初始构型有问题 还是光谱计算中有问题
望高手赐教!

[ Last edited by acnes on 2009-3-4 at 15:36 ]
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jghe

金虫 (著名写手)

★ ★ ★ ★
acnes(金币+3,VIP+0):很有建设性,呵呵。 3-4 21:04
lei0736(金币+1,VIP+0):谢谢 4-20 18:41
肯定有差距的,换方法试试,你也可以模拟核磁谱
2楼2009-03-04 20:16:50
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acnes

金虫 (正式写手)

哦   对 核磁 也可以进行对照
3楼2009-03-04 21:03:42
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loovfnd

至尊木虫 (著名写手)


xuefei06(金币+1,VIP+0):thanks! 3-4 23:29
不一定能量最低的就是你要的构型,如果异构体之间能量差别不大可以相互转换呢!
所以你要多试几种构型,不要急躁,慢慢弄。
我也弄过这类的东西,很费时费脑子。
莫强求!
4楼2009-03-04 22:02:56
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ZDBWHZ

金虫 (正式写手)


xuefei06(金币+1,VIP+0):thanks! 4-10 23:35
计算值比实验值大些,但是可以通过转换因子使得结果和实验值相匹配。
5楼2009-04-09 10:49:02
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xjyuefan

铁杆木虫 (正式写手)


xuefei06(金币+1,VIP+0):thanks! 4-10 23:35
会不会是优化采用的基组太大?我的经验是优化时采用HF/3-21G比较准确,现在看到有文献讲b3lyp优化结果更好,还没有尝试,但也有说b3lyp结果有点两极分化,要不就是很准确,要不就是很差。
6楼2009-04-09 23:23:43
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lsgan

木虫 (正式写手)

★ ★ ★
xuefei06(金币+2,VIP+0):thanks! 4-10 23:36
loovfnd(金币+1,VIP+0):有时间把这写出来吧,好资源。 4-27 21:17
首先要进行构象分析,其次才是计算!
构象分析常用方法:构象搜索、PES scan势能面扫描等等!
一个化合物可能有多种构象,根据能量呈玻尔兹曼分布

将各种最低能量态所得结果,根据其分布率进行加合,才得出最后结果!

构象搜索可以用Spartan、sybyl等软件来做,PESscan可以用gaussian等。

[ Last edited by lsgan on 2009-4-10 at 17:34 ]
7楼2009-04-10 17:32:15
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addbaby

我的经验

★ ★
lei0736(金币+2,VIP+0):谢谢 4-28 08:38
你可以使用Zindo的半经验方法,根据我的使用,他的误差相当精确,在不到10nm的范围内,唯一不利的因素为Zindo的方法似乎不能选择溶剂,至少在Gview的界面里不能加上溶剂,如果在命令里面加上,我还没试过。
但是实际上紫外对溶剂并不敏感,至少大部分化合物都不敏感。
8楼2009-04-27 20:45:14
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loovfnd

至尊木虫 (著名写手)

计算吸收光谱楼主用的什么方法?
莫强求!
9楼2009-04-27 21:18:01
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gzusg

★ ★
lei0736(金币+2,VIP+0):谢谢 4-28 08:38
b3lyp和基组的关系很大,你选择的基组不合适,应该选择6-31类型的基组,加不加极化我忘记了,楼主可以查一查原始文献,找到优化时的基组
10楼2009-04-27 21:48:41
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