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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » 【求助】计算聚合物分子间氢键
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466902981

金虫 (正式写手)

[交流] 【求助】计算聚合物分子间氢键

我想做聚合物分子间的氢键，可以肯定分子间氢键是一定存在的，但无论怎么算都算不出是怎么回事？ 该怎么办呢？

[ Last edited by freshgirl on 2009-6-21 at 21:18 ]
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1楼 2009-03-04 12:59:52
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llyshc

银虫 (正式写手)
★
466902981(金币+1,VIP+0):谢谢！我用PCFF力场，会计算氢键吗？ 3-4 16:49
嗯，你用的什么力场？有些力场并没有把氢键单独拎出来算的，这样你在结果里看不到氢键项就很正常。
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2楼2009-03-04 13:26:35
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466902981

金虫 (正式写手)
有时候，我就是单独计算氢键，只能找到分子内的，但分子间的也显示不出，为什么呢？
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3楼2009-03-04 16:51:15
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llyshc

银虫 (正式写手)

要看力场算的结果里有没有氢键项啊

★
466902981(金币+1,VIP+0):谢谢！在哪设置打开氢键选项啊？ 3-5 09:45
如果你设置了关掉氢键显示项，那即使有氢键，也不会显示的。
但力场的计算结果是很清楚的。
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4楼2009-03-04 18:43:15
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466902981

金虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by llyshc at 2009-3-4 18:43:
如果你设置了关掉氢键显示项，那即使有氢键，也不会显示的。
但力场的计算结果是很清楚的。

请问怎么打开？谢谢！
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5楼2009-03-11 09:14:53
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qasd

木虫 (著名写手)
★
466902981(金币+1,VIP+0):谢谢！请问怎么统计呢？ 3-11 11:12
ms本身貌似不输出，需要自己统计
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6楼2009-03-11 11:03:09
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llyshc

银虫 (正式写手)

嗯，我帮你看了一下，可以试试这个。

★
466902981(金币+1,VIP+0):谢谢！ 3-11 14:46
在ms的界面中的build菜单中选择hydrogen bonds选项，会弹出对话框，你自己可以设定氢键规则，然后点击calculate，就可以算出氢键。
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7楼2009-03-11 11:54:40
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466902981

金虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by llyshc at 2009-3-11 11:54:
在ms的界面中的build菜单中选择hydrogen bonds选项，会弹出对话框，你自己可以设定氢键规则，然后点击calculate，就可以算出氢键。

谢谢，这个我知道，我搞不懂的是，本来已经用实验证明分子间氢键是存在的，可用MS就是做不出，只能显示分子内氢键，该怎么办呢？
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8楼2009-03-11 14:48:04
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466902981

金虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by qasd at 2009-3-11 11:03:
ms本身貌似不输出，需要自己统计

以前没涉及过编程，我该怎么着手呢？谢谢！
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9楼2009-03-12 14:08:00
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qasd

木虫 (著名写手)
★ ★ ★
wuchenwf(金币+2,VIP+0):谢谢 O(∩_∩)O 3-12 21:35
466902981(金币+1,VIP+0):谢谢！ 3-16 11:11
1、弄清计算化学里的氢键定义
2、弄清MS轨迹文件结构
然后就可以编程计算了
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10楼2009-03-12 14:29:57
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