应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » Gaussian » 【求助】用Material Studio产生的PDB文件导入GaussView出错
61/1返回列表
查看: 851  |  回复: 5
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
当前主题已经存档。

freshgirl

木虫 (正式写手)

[交流] 【求助】用Material Studio产生的PDB文件导入GaussView出错

我用Mater Studio建立了一个2*2*1的supercell SiO2结构。如图所示。然后我导出PDB格式，再用GaussView打开后，见图。

为什么边界的Si原子全部都不见了？

在这种情况下，我想在GaussView中用PBD（周期性边界条件），应该怎么设置？

[ Last edited by freshgirl on 2009-3-3 at 13:35 ]
回复此楼

» 猜你喜欢
1楼 2009-03-03 12:07:36
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

jiewei

专家顾问 (著名写手)

小才
★
lei0736(金币+1,VIP+0):谢谢 3-3 15:42
这有可能是不兼容的原因，你看一下你的MS版本是不是太低了？
赞一下(10人) 回复此楼
我想做个科学家，可我又喜欢写诗；我想做一个诗人，可我却读的理工科..
2楼2009-03-03 13:11:44
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

freshgirl

木虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by jiewei at 2009-3-3 13:11:
这有可能是不兼容的原因，你看一下你的MS版本是不是太低了？

我的MS是4.3 版本，GViewer是3.0的，应该不是版本问题吧？
赞一下 回复此楼
3楼2009-03-03 13:37:07
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

lei0736

荣誉版主 (职业作家)

优秀版主
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
yuhuobuku(金币+2):欢迎参加讨论
freshgirl(金币+5,VIP+0):原来是这样，谢谢你 3-4 09:50
既然是周期边界条件 左边和上面的SI都不应该有 不然会重叠
MS是为了看起来舒服才显示边上的原子 你打开看看实际上并不存在 它的PDB文件中你看看本来就没有边上SI原子的坐标。。 你用任何软件看当然都不会显示。。。
所以高斯显示的是真正的构型
重申：MS的人为显示了边上的 只是为了你看着舒服
赞一下(2人) 回复此楼
4楼2009-03-03 15:31:01
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

pllyf2006

金虫 (著名写手)
★
yuhuobuku(金币+1,VIP+0):欢迎参加讨论 3-4 17:43
在ms中的symm选项里有个项选上就可以了，具体哪个记不起来了
赞一下(6人) 回复此楼
5楼2009-03-04 16:32:32
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

jghe

金虫 (著名写手)
★
yuhuobuku(金币+1,VIP+0):欢迎参加讨论 3-5 08:12
MS到处为 mol文件就可以用高斯打开了
赞一下(6人) 回复此楼
6楼2009-03-04 20:14:49
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 freshgirl 的主题更新
61/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复 (可上传附件)
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭