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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » Gaussian » 【求助】用Material Studio产生的PDB文件导入GaussView出错
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freshgirl

木虫 (正式写手)

[交流] 【求助】用Material Studio产生的PDB文件导入GaussView出错

我用Mater Studio建立了一个2*2*1的supercell SiO2结构。如图所示。然后我导出PDB格式，再用GaussView打开后，见图。

为什么边界的Si原子全部都不见了？

在这种情况下，我想在GaussView中用PBD（周期性边界条件），应该怎么设置？

[ Last edited by freshgirl on 2009-3-3 at 13:35 ]
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1楼 2009-03-03 12:07:36
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jiewei

专家顾问 (著名写手)

小才
★
lei0736(金币+1,VIP+0):谢谢 3-3 15:42
这有可能是不兼容的原因，你看一下你的MS版本是不是太低了？
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我想做个科学家，可我又喜欢写诗；我想做一个诗人，可我却读的理工科..
2楼2009-03-03 13:11:44
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freshgirl

木虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by jiewei at 2009-3-3 13:11:
这有可能是不兼容的原因，你看一下你的MS版本是不是太低了？

我的MS是4.3 版本，GViewer是3.0的，应该不是版本问题吧？
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3楼2009-03-03 13:37:07
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lei0736

荣誉版主 (职业作家)

优秀版主
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
yuhuobuku(金币+2):欢迎参加讨论
freshgirl(金币+5,VIP+0):原来是这样，谢谢你 3-4 09:50
既然是周期边界条件 左边和上面的SI都不应该有 不然会重叠
MS是为了看起来舒服才显示边上的原子 你打开看看实际上并不存在 它的PDB文件中你看看本来就没有边上SI原子的坐标。。 你用任何软件看当然都不会显示。。。
所以高斯显示的是真正的构型
重申：MS的人为显示了边上的 只是为了你看着舒服
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4楼2009-03-03 15:31:01
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pllyf2006

金虫 (著名写手)
★
yuhuobuku(金币+1,VIP+0):欢迎参加讨论 3-4 17:43
在ms中的symm选项里有个项选上就可以了，具体哪个记不起来了
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5楼2009-03-04 16:32:32
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jghe

金虫 (著名写手)
★
yuhuobuku(金币+1,VIP+0):欢迎参加讨论 3-5 08:12
MS到处为 mol文件就可以用高斯打开了
赞一下(6人) 回复此楼
6楼2009-03-04 20:14:49
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