| 查看: 6825 | 回复: 29 | |||
| 当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖 | |||
mgqqlwq铜虫 (著名写手)
|
[求助]
求教我的二氧化硅体系的弛豫应该采用nvt系综还是npt系综 已有3人参与
|
||
|
我用VMD建立了SiO2的盒子，LAMMPS里面三个边界都选为周期性的，初始化和定义力场之后，利用minimize和npt（或者nvt）系综对体系进行弛豫，in文件如下，区别是一种采用nvt系综而另一种采用npt系综，根据结果来看两种弛豫的主要区别在于100000步之后的压力区别比较大。本人小白有两个问题求教一下各位模拟的大神和坛友。 1. minimize应该是在0K下的结构最优化吗？velocity create之后体系原子的温度已经是300K了，这时候做最小化是否合理？ 2. 采用nvt系综100000步之后的thermo信息是： Step Temp E_pair E_mol TotEng Press 100000 299.99624 -1786635.5 0 -1776212.1 38516.104 而采用npt系综的thermo信息是： Step Temp E_pair E_mol TotEng Press Volume 100000 300.35095 -1789725.2 0 -1779289.5 -126.32433 4191230.7 从结果看主要的区别是压力值差别非常大。请问对体系弛豫的时候应该采用哪一种系综呢？ 我对minimize命令和系综的使用概念还不是很清楚，还请各位模拟高手多多指导和帮助。 我的in文件如下： echo both variable T equal 300 units metal dimension 3 boundary p p p atom_style full read_data silicondioxide.data pair_style tersoff pair_coeff * * SiO.tersoff O Si timestep 0.001 thermo 10 velocity all create $T 38168 rot yes mom yes dist gaussian dump 1 all custom 1000 dump.silicondioxide.minimize id type x y z min_style cg minimize 0 0 100000 100000 reset_timestep 0 undump 1 dump 2 all custom 5000 dump.silicondioxide.nvt id type x y z fix nvt_relax all nvt temp $T $T 0.1 drag 0.2 #fix npt_relax all npt temp $T $T 0.1 iso 0 0 1 drag 0.2 #两种方法的区别是另一种采用NPT系综 run 100000 unfix nvt_relax |
回复此楼» 猜你喜欢
291求调剂
已经有7人回复
-
300求调剂
已经有8人回复
-
求调剂推荐
已经有7人回复
-
289 分105500药学专硕求调剂(找B区学校)
已经有4人回复
-
0854求调剂
已经有13人回复
-
初试324 中药学 一志愿天中医 求调剂
已经有3人回复
-
药学求调剂
已经有14人回复
-
327求调剂
已经有27人回复
-
急需调剂
已经有5人回复
-
271求调剂
已经有33人回复
brucefan
专家顾问 (著名写手)
-
专家经验: +218 - 模拟EPI: 4
- 应助: 422 (硕士)
- 金币: 2294.8
- 散金: 1720
- 红花: 88
- 帖子: 1423
- 在线: 670.2小时
- 虫号: 3048965
- 注册: 2014-03-14
- 性别: GG
- 专业: 凝聚态物性 II ：电子结构
- 管辖: 分子模拟
7楼2018-01-06 15:43:24
hongyingwu
至尊木虫 (文坛精英)
- 应助: 148 (高中生)
- 金币: 17761
- 红花: 28
- 帖子: 29761
- 在线: 452.5小时
- 虫号: 4388826
- 注册: 2016-01-30
- 专业: 动物生理及行为学
【答案】应助回帖
★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
mgqqlwq: 金币+5 2018-01-06 16:20:45
感谢参与，应助指数 +1
mgqqlwq: 金币+5 2018-01-06 16:20:45
2楼2018-01-05 09:49:44
hongyingwu
至尊木虫 (文坛精英)
- 应助: 148 (高中生)
- 金币: 17761
- 红花: 28
- 帖子: 29761
- 在线: 452.5小时
- 虫号: 4388826
- 注册: 2016-01-30
- 专业: 动物生理及行为学
3楼2018-01-05 09:51:24
mgqqlwq
铜虫 (著名写手)
- 应助: 12 (小学生)
- 金币: 12831.1
- 散金: 108
- 红花: 14
- 帖子: 1282
- 在线: 207.6小时
- 虫号: 2436148
- 注册: 2013-04-25
- 专业: 凝聚态物性I:结构、力学和
4楼2018-01-05 11:00:47
10