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mgqqlwq铜虫 (著名写手)
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[求助]
求教我的二氧化硅体系的弛豫应该采用nvt系综还是npt系综 已有3人参与
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我用VMD建立了SiO2的盒子，LAMMPS里面三个边界都选为周期性的，初始化和定义力场之后，利用minimize和npt（或者nvt）系综对体系进行弛豫，in文件如下，区别是一种采用nvt系综而另一种采用npt系综，根据结果来看两种弛豫的主要区别在于100000步之后的压力区别比较大。本人小白有两个问题求教一下各位模拟的大神和坛友。 1. minimize应该是在0K下的结构最优化吗？velocity create之后体系原子的温度已经是300K了，这时候做最小化是否合理？ 2. 采用nvt系综100000步之后的thermo信息是： Step Temp E_pair E_mol TotEng Press 100000 299.99624 -1786635.5 0 -1776212.1 38516.104 而采用npt系综的thermo信息是： Step Temp E_pair E_mol TotEng Press Volume 100000 300.35095 -1789725.2 0 -1779289.5 -126.32433 4191230.7 从结果看主要的区别是压力值差别非常大。请问对体系弛豫的时候应该采用哪一种系综呢？ 我对minimize命令和系综的使用概念还不是很清楚，还请各位模拟高手多多指导和帮助。 我的in文件如下： echo both variable T equal 300 units metal dimension 3 boundary p p p atom_style full read_data silicondioxide.data pair_style tersoff pair_coeff * * SiO.tersoff O Si timestep 0.001 thermo 10 velocity all create $T 38168 rot yes mom yes dist gaussian dump 1 all custom 1000 dump.silicondioxide.minimize id type x y z min_style cg minimize 0 0 100000 100000 reset_timestep 0 undump 1 dump 2 all custom 5000 dump.silicondioxide.nvt id type x y z fix nvt_relax all nvt temp $T $T 0.1 drag 0.2 #fix npt_relax all npt temp $T $T 0.1 iso 0 0 1 drag 0.2 #两种方法的区别是另一种采用NPT系综 run 100000 unfix nvt_relax |
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mgqqlwq: 金币+20, ★★★★★最佳答案 2018-01-07 10:28:24
mgqqlwq: 金币+20, ★★★★★最佳答案 2018-01-07 10:28:24
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用什么系综，取决于研究目的。一般情况下，我们都是对某个或某些具体的压强和温度下系统的性质感兴趣，所以我们就要用相应的算法得到这样的状态。如果用NVT系综，系统盒子是固定不变的。那么，待体系充分平衡之后，系统的压强可能是你想要的，也可能不是你要的。一般只有提前知道系统的晶格常数或者密度时才不用NPT来平衡。否则，一般都是要用NPT来平衡，得到你想要的压强和温度(这叫做目标压强和温度)。至于你问压强要取多少，那是你自己设定的，对应你想研究的状态，别人怎么知道你到底要研究什么压强下的性质？如果你研究未被拉伸或压缩的体系，那就取零好了。拉伸的和压缩的分别对应负的和正的压强(有的程序的约定相反)。有时还采用各项异性压强，那也是依研究目标而定。最后，不要光看屏幕输出的最后一个数值。在MD中任何量都要看其统计平均和时间演化。 [ 发自手机版 http://muchong.com/3g ] |
14楼2018-01-07 03:54:42
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