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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » 其他 » 【求助】DNA+小分子动力学模拟能完成吗
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mengxianggao

木虫 (正式写手)

新手

[交流] 【求助】DNA+小分子动力学模拟能完成吗

我想模拟DNA分子和合成小分子之间的作用？如：静电作用、氢键作用、π-π作用....通过动力学模拟能达到目的吗？如果可以，用哪个软件比较合适。给出建议，就有金币略表谢意。谢谢大家。

[ Last edited by zdhlover on 2009-11-28 at 13:51 ]
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新手学习
1楼 2009-03-03 08:24:58
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wuhanhgf2002

金虫 (正式写手)
★ ★ ★
yuhuobuku(金币+2):欢迎参加讨论
mengxianggao(金币+1,VIP+0):谢谢 3-4 14:40
如果只是做简单的分子动力学可以用insightII或者Discoverystudio来做，如果想做深层次的分子动力学可以选择amber之类的专业做动力学的软件。
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2楼2009-03-03 08:48:06
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yalefield

金虫 (文坛精英)

老汉一枚
★ ★ ★
yuhuobuku(金币+2):欢迎参加讨论
mengxianggao(金币+1,VIP+0):谢谢 3-4 14:40
GROMACS, NAMD
配合VMD
全套免费
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3楼2009-03-03 08:59:28
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zuoyinglin

铁杆木虫 (正式写手)
★ ★
lei0736(金币+1,VIP+0):谢谢 3-3 15:42
mengxianggao(金币+1,VIP+0):谢谢 3-4 14:42
可以做，我同学用amber做过
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分享=快乐 交流=进步
4楼2009-03-03 13:21:09
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superdirac

木虫 (正式写手)
★ ★ ★
lei0736(金币+2,VIP+0):谢谢 3-3 15:42
mengxianggao(金币+1,VIP+0):谢谢 3-4 14:40
namd + vmd  
  学起来可能有点麻烦!
要是容易上手的就是 Amber 吧!!
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我认为，酒一口一口喝，路一步一步走~步子迈大了，喀~容易扯着蛋
5楼2009-03-03 13:54:10
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superdirac

木虫 (正式写手)
★ ★ ★
lei0736(金币+2,VIP+0):谢谢 3-3 15:43
mengxianggao(金币+1,VIP+0):谢谢 3-4 14:41
namd　的参数绝大部分是给生物大分子．对于有机小分子参数很少．
当然并不一定没有，假如要是生物大分子（蛋白质，核酸，生物膜）的一部分，可以直接拿现成的参数用．要是没有拿可能就没有了!
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我认为，酒一口一口喝，路一步一步走~步子迈大了，喀~容易扯着蛋
6楼2009-03-03 13:56:52
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Ben9908

银虫 (著名写手)
★ ★ ★
lei0736(金币+2,VIP+0):谢谢 3-3 15:43
mengxianggao(金币+1,VIP+0):谢谢 3-4 14:42
用amber能做DNA与小分子的动力学模拟，而且比较容易做
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7楼2009-03-03 15:33:04
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bay__gulf

金虫 (著名写手)

刘苏州
★ ★ ★
xuefei06(金币+1,VIP+0):thanks！ 3-3 22:59
mengxianggao(金币+1,VIP+0):谢谢 3-4 14:41
mengxianggao(金币+1,VIP+0):谢谢 3-4 14:41
尽管namd，gmx，amber 的功能和力场差不多，但习惯上做核酸体系还是amber 多一些。
namd，gmx 免费，amber几百欧。
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8楼2009-03-03 20:48:19
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dolphin100

木虫 (正式写手)
★ ★ ★
yuhuobuku(金币+2):欢迎参加讨论
mengxianggao(金币+1,VIP+0):谢谢 3-4 14:41
insightII, DS stiduo, Gromacs VMD NVMD
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Constanteffortscanyieldsuresuccess!
9楼2009-03-04 13:19:48
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