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ZJboy

木虫 (著名写手)

[交流] 【求助】GaussianView反映的键连关系有误

有没试过用GV画出来的结构转化来的内坐标不反映实际键连关系的情况?
例如1,2,4-三氮唑中第1、2位原子都是碳,但他们明显不相连。请问该怎么办?谢谢。

[ Last edited by yjcmwgk on 2009-11-13 at 18:58 ]
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jiewei

专家顾问 (著名写手)

小才


xuefei06(金币+1,VIP+0):thanks! 3-1 23:23
你用chemcal draw画吧 只要画得好 比高斯view好多了 方便快捷
我想做个科学家,可我又喜欢写诗;我想做一个诗人,可我却读的理工科..
2楼2009-03-01 22:34:47
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snoopyzhao

至尊木虫 (职业作家)


xuefei06(金币+1,VIP+0):thanks! 3-1 23:23
量子化学中似乎只关心两个原子之间的距离,而不管它们之间会是什么样的键合方式,这只是显示程序应该考虑的问题
3楼2009-03-01 22:46:01
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ZJboy

木虫 (著名写手)

如果优化成功,那么结果用高斯View看还是没问题的。
但会不会影响红外频率等,以及发表论文时阐述优化所得结果应把结构的真实键连表示出来吧。
4楼2009-03-01 23:00:12
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zuoyinglin

铁杆木虫 (正式写手)

也遇到类似情况
分享=快乐 交流=进步
5楼2009-03-02 13:25:57
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ZJboy

木虫 (著名写手)

引用回帖:
Originally posted by zuoyinglin at 2009-3-2 13:25:
也遇到类似情况

那请问您是怎么解决的?
6楼2009-03-03 21:54:49
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ZJboy

木虫 (著名写手)

在G03手册上有这样一段话:
坐标系统选择选项
Z-matrix 用内坐标系统进行优化计算。在这种情况中,关键字Fopt 而不是Opt 要
求程序确认进行了完全优化(即,包含非活性变量在内的变量之间是线性
无关的,并且自由度的范围被分子对称性所允许)。Popt 形式要求进行内
坐标的部分优化。在优化结束后它还支持频率分析,这包含每个点的二
阶导数(使用CalcAll选项)

能否解释第一个括号的内容?
以及列举一些可能用了fopt=z-matrix  反而可能导致出错的例子?

非常感谢。
7楼2009-03-03 22:14:31
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虚谦

至尊木虫 (正式写手)

★ ★ ★
lei0736(金币+3,VIP+0):谢谢 3-4 10:30
这个其实不是问题
不会影响你计算结果的
但是如过你看着不舒服
你可以用别的画图软件啊
例如molden
这个我想会符合你的要求的
大家都说我是个好人,其实,我也是这么想的~!
8楼2009-03-04 10:00:46
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