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Stark1234567

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磁珠分选后得到的T细胞,想做转录因子与启动子结合的验证,选用哪种ChIP试剂盒合适?酶解法还是超声法好?谢谢!

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[ Last edited by Stark1234567 on 2017-12-14 at 00:10 ]
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Yxijaier

铜虫 (小有名气)



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1. 酶解法对于交联固定后的DNA处理效果不如超声法高效,同时酶法在37°C孵育样品可能会导致蛋白表位的降解;

2. 酶切获得的DNA片段相对较短,不适合ChIP-chip,ChIP-Seq实验;

3. 酶法获得的DNA片段相对较短,对于后续样品的PCR扩增和检测带来更多的困难;

4. 酶切消化主要发生在核小体之间,并不是随机消化,对于一些基因如P53并不适合,因为蛋白结合位点位于核小体间的DNA linker序列中;

5. 超声对DNA的裂解是随机的,对于实验重复性高于酶法处理;

6. 部分研究者显示酶切方法不如超声敏感,可能酶法对部分染色质DNA的消化不如超声方法对细胞的裂解更加彻底,因此获得的DNA的量会较超声低一些;

7. 对于表达丰度较低的或与DNA结合不紧密的蛋白,如当前研究最多的转录因子,调控因子等。往往需要用交联试剂将样本(细胞or组织)进行固定,稳定蛋白质和DNA的形态,这时最好选用超声法进行断裂。 

8. 研究蛋白为转录因子是,慎用酶解法。因为有的转录因子较大,DNA结合区域覆盖多个核小体,酶切法会将结合区域打碎
9楼2017-12-15 10:05:44
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Yxijaier

铜虫 (小有名气)


针对试剂盒,目前市面上的试剂盒做做组蛋白还凑合,转录因子还没有特别合适的,尤其是表达量低的,可能一个试剂盒都用完了还富集不到多少
10楼2017-12-15 10:07:11
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2017-12-14 00:06   回复  
Stark1234567(金币+2): 谢谢参与
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2017-12-14 00:07   回复  
Stark1234567(金币+2): 谢谢参与
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Stark1234567(金币+1): 谢谢参与
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Thomas_Lo6楼
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Stark1234567(金币+1): 谢谢参与
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tscdtc8楼
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Stark1234567(金币+1): 谢谢参与
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