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Stark1234567

新虫 (小有名气)
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ChIP
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磁珠分选后得到的T细胞，想做转录因子与启动子结合的验证，选用哪种ChIP试剂盒合适？酶解法还是超声法好？谢谢！

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[ Last edited by Stark1234567 on 2017-12-14 at 00:10 ]
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1楼 2017-12-14 00:06:14
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Yxijaier

铜虫 (小有名气)
★
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1. 酶解法对于交联固定后的DNA处理效果不如超声法高效，同时酶法在37°C孵育样品可能会导致蛋白表位的降解；

2. 酶切获得的DNA片段相对较短，不适合ChIP-chip，ChIP-Seq实验；

3. 酶法获得的DNA片段相对较短，对于后续样品的PCR扩增和检测带来更多的困难；

4. 酶切消化主要发生在核小体之间，并不是随机消化，对于一些基因如P53并不适合，因为蛋白结合位点位于核小体间的DNA linker序列中；

5. 超声对DNA的裂解是随机的，对于实验重复性高于酶法处理；

6. 部分研究者显示酶切方法不如超声敏感，可能酶法对部分染色质DNA的消化不如超声方法对细胞的裂解更加彻底，因此获得的DNA的量会较超声低一些；

7. 对于表达丰度较低的或与DNA结合不紧密的蛋白，如当前研究最多的转录因子，调控因子等。往往需要用交联试剂将样本（细胞or组织）进行固定，稳定蛋白质和DNA的形态，这时最好选用超声法进行断裂。 

8. 研究蛋白为转录因子是，慎用酶解法。因为有的转录因子较大，DNA结合区域覆盖多个核小体，酶切法会将结合区域打碎
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9楼2017-12-15 10:05:44
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Yxijaier

铜虫 (小有名气)
针对试剂盒，目前市面上的试剂盒做做组蛋白还凑合，转录因子还没有特别合适的，尤其是表达量低的，可能一个试剂盒都用完了还富集不到多少
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10楼2017-12-15 10:07:11
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zhangxiao2262楼
2017-12-14 00:06   回复  
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武灵骑射3楼
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江南的马蹄4楼
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风雨相随7165楼
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Thomas_Lo6楼
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lamplamp887楼
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tscdtc8楼
2017-12-14 00:08   回复  
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