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幽夜流星雨

银虫 (初入文坛)

[求助] LAMMPS Tersoff提示出错 已有1人参与

我在用LAMMPS编写铜在硅上沉积的过程中,使用了Tersoff style,然后提示Tersoff使用的不正确,找了好久问题没找到,因此求教各位大神。错误如图,代码如下。其中加下划线部分为提示出错的地方,但是我认为不应该是这里的问题。
附in文件:
#input file for copper deposition

clear
units metal
dimension 3
atom_style atomic
boundary p p f

#Definition of the simulation box
lattice fcc 5.43
region box block 0 20 0 20 0 22
create_box 4 box

#Definition of mass
mass 1 28
mass 2 28
mass 3 28
mass 4 63.5

#Definition of pair style and pair coefficient
newton on
pair_style tersoff
pair_coeff * * Si.tersoff Si
pair_coeff 3 4 Si.tersoff.modc Si Cu
pair_style eam/alloy
pair_coeff 4 4 Cu_u3.eam Cu

#Definition of substrate atoms
region substrate_down block 0 20 0 20 0 1
create_atoms 1 region substrate_down
group fix_atoms region substrate_down

region substrate_middle block 0 20 0 20 1 4
create_atoms 2 region substrate_middle
group temperature_atoms region substrate_middle

region substrate_up block 0 20 0 20 4 6
create_atoms 3 region substrate_up
group mobile_atoms region substrate_middle

neigh_modify delay 0

#Definition of the deposition atoms
group Cu_atoms type 4
region atoms_region block 0 20 0 20 6 22
group atoms_region region atoms_region

#Definition of the computation information
compute atoms_temperature atoms_region temp
compute_modify        atoms_temperature dynamic yes extra 0

#Setting of other conditions
fix                1 fix_atoms nve
fix                2 temperature_atoms langevin 220 220 1 587283
fix                3 temperature_atoms nve
fix                4 mobile_atoms langevin 220 220 1 587283
fix                5 mobile_atoms nve
fix                6 Cu_atoms nve

#Position of deposition atoms
region          slab block 0 20 0 20 16 22

#
fix                7 Cu_atoms deposit 2200 4 100 12345 region slab near 4.0 &
                         vz -0.0055 -0.0055
fix                8 Cu_atoms wall/reflect zhi EDGE
thermo_style        custom step atoms temp epair etotal press
thermo          100
thermo_modify        temp atoms_temperature lost/bond ignore lost warn

dump                1 all atom 50 dump.deposit.atom

#dump                2 all image 50 image.*.jpg type type &
#                axes yes 0.8 0.02 view 80 -30
#dump_modify        2 pad 5

dump                3 all movie 50 movie.mpg type type &
                axes yes 0.8 0.02 view 80 -30
dump_modify        3 pad 5

run             300000

LAMMPS Tersoff提示出错
错误.png
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自己不坚强,懦弱给谁看?
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zx108s221

铜虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
幽夜流星雨: 金币+36, ★★★很有帮助 2017-12-15 22:50:58
你好几个pair style  定义的时候要用hybrid
回去好好看手册吧 手册上写的非常清楚明白
I'maslowlywalker,butIneverwalkback.
2楼2017-12-14 18:18:27
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幽夜流星雨

银虫 (初入文坛)

找到问题的原因了,一部分如楼上所述,多个pair_style时,应该用hybrid,而不是单独列出每一个
此外,多少种原子类型,tersoff后面则需要出现对应数目的参数。
自己不坚强,懦弱给谁看?
3楼2017-12-15 22:55:03
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4楼2018-01-14 18:20:20
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