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小马科研部落

新虫 (小有名气)

[交流] 为什么选择他？16S rDNA 已有1人参与

最近两年，在医学、农业、畜牧业、林业等行业中，微生物多样性研究变得火热起来。
不管是环境方面(水、土、空气、植物等)还是人体方面（肠道、皮肤、口腔等），样本中的微生物绝大多数是细菌。

小马刚到公司时，就被告知，
如果客户检测细菌，那就检测16S rDNA。

DNA、RNA是遗传物质，
这个rDNA、16S是什么？为什么选择他呢？

rDNA是编码rRNA的基因。
rRNA（核糖体RNA）是最多的一类RNA，占RNA量的82%左右。
在细胞中的量比较多！

S是沉降系数，当用超速离心测定一个粒子的沉淀速度时，此速度与粒子的大小直径成比例。
在原核生物中，rRNA有3类，5S（120bp）、16S（1540bp）和23S（2900bp）。
真核生物中，rRNA有4类，5S（120bp）、5.8S（160bp）、18S（1900bp）、和28S（4700bp）。
1540bp，长度适中！

再看看他的结构，
有9个保守区，9个可变区。


意味着，既能分清上面是狗、下面是猫（保守区），又能区分这个左上是哈士奇右上是中华田园犬（变异区）。

     这3个特点，
      让16S rRNA gene成为检测细菌的首选目标。

但由于RNA不稳定，很容易降解，
所以在检测多样性时，选择提取DNA，
检测编码rRNA gene的 rDNA！
毕竟两者携带的信息是一样的，
而我们想要的也只是ATCG这些神秘的信息。

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1楼 2017-12-01 22:02:15
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小马科研部落

新虫 (小有名气)
引用回帖:
1楼: Originally posted by 小马科研部落 at 2017-12-01 22:02:15
最近两年，在医学、农业、畜牧业、林业等行业中，微生物多样性研究变得火热起来。
不管是环境方面(水、土、空气、植物等)还是人体方面（肠道、皮肤、口腔等），样本中的微生物绝大多数是细菌。
小马刚到公司时，就被 ...

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2楼2017-12-01 22:03:42
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lingorling

铁虫 (小有名气)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
16s rRNA和16s rDNA是怎么个关系？

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3楼2017-12-05 22:15:17
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小马科研部落

新虫 (小有名气)
rRNA 是核糖体，16S是沉降系数，16S rRNA 是核糖体的一种。

16S rRNA基因是细菌上编码rRNA相对应的DNA序列。

在实验中，抽提的是DNA，检测的也是DNA。

在文章中，有的写16S rRNA基因，有的写16S rDNA。
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4楼2017-12-06 13:28:52
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