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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » 【求助】DS动力学计算
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payne

木虫 (小有名气)

[交流] 【求助】DS动力学计算

在用DS做Dynamic的时候，发现input tpyed molecular只能选择一个分子，那么做多个分子的动力学（多分子不是指加溶剂水分子，而是比如说两个氨基酸分子）能用DS实现吗？

[ Last edited by lei0736 on 2009-11-25 at 12:08 ]
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Lookingforthemeaningoflife.
1楼 2009-02-25 12:00:18
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dolphin100

木虫 (正式写手)
★
xuefei06(金币+1,VIP+0):thanks！ 2-25 23:45
define a assembly
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Constanteffortscanyieldsuresuccess!
2楼2009-02-25 13:54:52
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payne

木虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by payne at 2009-2-25 12:00:
在用DS做Dynamic的时候，发现input tpyed molecular只能选择一个分子，那么做多个分子的动力学（多分子不是指加溶剂水分子，而是比如说两个氨基酸分子）能用DS实现吗？

[ Last edited by xuefei06 on 2009-2- ...

How to define? It seems to be not easy.

Would you like please to describe it in detail?
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Lookingforthemeaningoflife.
3楼2009-02-27 12:21:56
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payne

木虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by payne at 2009-2-25 12:00:
在用DS做Dynamic的时候，发现input tpyed molecular只能选择一个分子，那么做多个分子的动力学（多分子不是指加溶剂水分子，而是比如说两个氨基酸分子）能用DS实现吗？

[ Last edited by xuefei06 on 2009-2- ...

How to define? It seems to be not easy.

Would you like please to describe it in detail?
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Lookingforthemeaningoflife.
4楼2009-02-27 12:22:17
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guoyingnba

金虫 (小有名气)
★ ★
xuefei06(金币+2,VIP+0):3Q！ 3-19 10:48
不知道我理解的对不对，但是我觉得你可以把要做的2个分子同时存在一个文件里，虽然读入的时候是一个文件，但是里面包含两个分子啊。
还有如果你是想做2个分子之间的作用，那么你就要拿对接以后的结果来做，而不是单单合并2个分子。
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5楼2009-03-19 09:42:16
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wuhanhgf2002

金虫 (正式写手)
★ ★
lei0736(金币+2,VIP+0):谢谢 3-20 09:43
这样太麻烦，因为两个分子的相对位置是最重要的。你应该先定好了两个分子的相对位置，做一个assembly，然后计算动力学。具体怎样定义assembly请看DS的help。
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6楼2009-03-20 07:59:50
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