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wangsichu

铜虫 (初入文坛)


[交流] 存放12年的土壤风干样品中,DNA降解了吗?

2005年、2007年、2010年、2013年、2015年分别采集的土壤样品,风干后一直在南方室温下保存,今年送到公司去测了16S和ITS,公司说DNA提出来了,也给出了测序结果。
请问这种情况下DNA会不会很大程度上降解?不同微生物的DNA链降解的程度一样吗?这个结果可以用吗?
本人刚刚接触分子生物学,请大神解释的浅显点
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小马科研部落

新虫 (小有名气)



小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
室温下保存……
只能说明你的样本,已经不能反映05、07、10、13、15年当时采集时,土壤微生物的种类和相对丰度了。
正常情况下,应该是采集了样本,放到-80冰箱进行保存,抑制微生物的生长发育。
目前的问题是,土已经放在室温了,里面肯定会有细菌和真菌的,所以DNA提出来,并且16S和ITS可以测出来,很正常。
7楼2017-12-15 16:43:18
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美亿美生物

捐助贵宾 (职业作家)



wangsichu(金币+1): 谢谢参与
这个,还真说不好,假设有100个菌,按照理论放置时间推算,越久那么含量少的菌就慢慢降解,最后能得到的结果也越少,采集的数据就越少,得出的结论也越偏差。

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2楼2017-11-20 11:27:55
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nono20093楼
2017-11-22 06:39   回复  
wangsichu(金币+1): 谢谢参与
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