24小时热门版块排行榜

返回列表

当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖

机智的小神丶

新虫 (初入文坛)

应助: 0 (幼儿园)
金币: 167.3
帖子: 4
在线: 2.7小时
虫号: 4560006

[交流] 哪位大神能帮忙看看做PCoA代码中的问题

#载入vegan包
library(vegan)
#读取“样本-物种”文件
sp <- read.table(file=file.choose(),sep="\t",header=T,row.names=1)
sp
#读取“样本-环境因子”文件
se <- read.table(file=file.choose(),sep="\t",header=T,row.names=1)
se
#选择用RDA还是CCA分析？先用“样本-物种”文件做DCA分析！
decorana(sp)
#根据看分析结果中Axis Lengths的第一轴的大小
#如果大于4.0,就应选CCA（基于单峰模型，典范对应分析）
#如果在3.0-4.0之间，选RDA和CCA均可
#如果小于3.0, RDA的结果会更合理（基于线性模型，冗余分析）
#以RDA分析为例
sp0 <- rda(sp ~ 1, se)
sp0
plot(sp0)
#加入所有环境变量排序，RDA分析
sp1 <- rda(sp ~ ., se)
sp1
plot(sp1)
#到这里RDA图已经出来了

最后三句生成sp1，我这里提示
Error in qr.fitted(Q, Xbar) :
  'qr' and 'y' must have the same number of rows

回复此楼