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机智的小神丶

新虫 (初入文坛)

[交流] 哪位大神能帮忙看看做PCoA代码中的问题

#载入vegan包  
library(vegan)  
#读取“样本-物种”文件  
sp <- read.table(file=file.choose(),sep="\t",header=T,row.names=1)  
sp  
#读取“样本-环境因子”文件  
se <- read.table(file=file.choose(),sep="\t",header=T,row.names=1)  
se  
#选择用RDA还是CCA分析？先用“样本-物种”文件做DCA分析！  
decorana(sp)   
#根据看分析结果中Axis Lengths的第一轴的大小  
#如果大于4.0,就应选CCA（基于单峰模型，典范对应分析）  
#如果在3.0-4.0之间，选RDA和CCA均可  
#如果小于3.0, RDA的结果会更合理（基于线性模型，冗余分析）  
#以RDA分析为例  
sp0 <- rda(sp ~ 1, se)   
sp0  
plot(sp0)  
#加入所有环境变量排序，RDA分析  
sp1 <- rda(sp ~ ., se)   
sp1  
plot(sp1)  
#到这里RDA图已经出来了

最后三句生成sp1，我这里提示
Error in qr.fitted(Q, Xbar) :
  'qr' and 'y' must have the same number of rows
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1楼 2017-11-19 15:53:42
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xliang88

木虫 (小有名气)
★
机智的小神丶(金币+1): 谢谢参与
看看文件的行数

发自小木虫Android客户端
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2楼2017-11-20 21:02:41
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hutil1543

金虫 (小有名气)
★
机智的小神丶(金币+1): 谢谢参与
样本的例数与环境变量里面样本例数不同。
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3楼2018-04-10 10:51:53
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