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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » 其他 » 【讨论交流】关于Amber中的mm_pbsa的计算
北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
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fantastic

银虫 (著名写手)

[交流] 【讨论交流】关于Amber中的mm_pbsa的计算

怎么没有Amber版块呀？
各位大虾，有没有人算过mm_pbsa呀，大家都来说说自己的运算步骤以及碰到的问题吧，让我学习学习。谢谢！
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1楼 2009-02-24 11:20:00
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yalefield

金虫 (文坛精英)

老汉一枚
★ ★ ★
lei0736(金币+3,VIP+0):谢谢 2-27 22:16
Sietraj是免费的，
只是发表论文时，应该引用两篇：

Naïm, M.; Bhat, S.; Rankin, K. N.; Dennis, S.; Chowdhury, S. F.; Siddiqi, I.; Drabik, P.; Sulea, T.; Bayly, C.; Jakalian, A.; Purisima, E. O.
Solvated interaction energy (SIE) for scoring protein-ligand binding affinities. 1. Exploring the parameter space.
J. Chem. Inf. Model. 2007, 47, 122-133.

Cui, Q.; Sulea, T.; Schrag, J. D.; Munger, C.; Hung,M.-N.; Naïm, M., Cygler, M.; Purisima, E. O.
Molecular Dynamics and Solvated Interaction Energy Studies of Protein-Protein Interactions: the MP1-p14 Scaffolding Complex.
J. Mol. Biol. 2008, 379, 787-802.
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19楼2009-02-27 22:12:45
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gwdavid

木虫 (著名写手)

小木虫散兵坑坑长
★ ★
xuefei06(金币+2,VIP+0):thanks! 2-24 23:45
这个mm_pbsa的计算如果不用AMBER的话，非常麻烦，我已经放弃了。
如果用AMBER计算的话，那就比较 简单，因为只有AMBER可以直接计算mm_pbsa

关键是都没有AMBER，与你同求amber吧
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个人博客：[url]http://blog.sina.com.cn/gaiwei[/url]
2楼2009-02-24 15:29:30
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fantastic

银虫 (著名写手)
我的意思是小木虫没有Amber版块，我们实验室有Amber的，但是在学，所以发帖来问。
  Amber算mm_pbsa简单吗？能不能介绍介绍呀？谢谢！！！
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3楼2009-02-24 17:10:41
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gwdavid

木虫 (著名写手)

小木虫散兵坑坑长
★
xuefei06(金币+1,VIP+0):thanks! 2-24 23:46
我都没有AMBER，所以根本没用过，不知道啊。呵呵，不过看资料应该属它直接了。
能传我一份AMBER么？
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个人博客：[url]http://blog.sina.com.cn/gaiwei[/url]
4楼2009-02-24 23:00:08
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fantastic

银虫 (著名写手)
可是我不知道怎么传呀？近百兆呀
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5楼2009-02-24 23:15:07
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gwdavid

木虫 (著名写手)

小木虫散兵坑坑长
是否可以上传至纳米盘呢，据我所知，论坛里的虫子好多求AMBER的，你可以传至纳米盘后发一个资源帖，在资源与大家分享的同时，也可以增加bb啦
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个人博客：[url]http://blog.sina.com.cn/gaiwei[/url]
6楼2009-02-25 16:59:48
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fantastic

银虫 (著名写手)
改天找个网络好的时候传！！
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7楼2009-02-25 22:50:50
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匿名

用户注销 (小有名气)
★
xuefei06(金币+1,VIP+0):thanks！ 2-26 23:22
本帖仅楼主可见
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8楼2009-02-26 15:13:06
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yalefield

金虫 (文坛精英)

老汉一枚
引用回帖:
Originally posted by c00jsw00 at 2009-2-26 15:13:
Dear all ,
The software "sietraj(http://www2.bri.nrc.ca/ccb/pub/sietraj_main.php)" is
useful for mmpbsa calculations.

Y.T Wang

Super!
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9楼2009-02-26 15:57:37
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fantastic

银虫 (著名写手)
引用回帖:
Originally posted by c00jsw00 at 2009-2-26 15:13:
Dear all ,
The software "sietraj(http://www2.bri.nrc.ca/ccb/pub/sietraj_main.php)" is
useful for mmpbsa calculations.

Y.T Wang

链接怎么打不开呀？能不能简单介绍一下这个软件呀？再给个链接？
谢谢！！
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10楼2009-02-27 08:32:33
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