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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » 其他 » 【讨论交流】关于Amber中的mm_pbsa的计算
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wuhanhgf2002

金虫 (正式写手)
★
lei0736(金币+1,VIP+0):谢谢 2-27 22:11
可以打开的，再试一下
http://www2.bri.nrc.ca/ccb/pub/sietraj_main.php
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11楼2009-02-27 08:47:57
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fantastic

银虫 (著名写手)
引用回帖:
Originally posted by wuhanhgf2002 at 2009-2-27 08:47:
可以打开的，再试一下
http://www2.bri.nrc.ca/ccb/pub/sietraj_main.php

谢谢！我下载下来了，但是怎么没有手册呢？你有吗？要是有的话传一份给我吧，
fantastic_0919@yahoo.com.cn
谢谢了
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12楼2009-02-27 11:45:13
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Ben9908

银虫 (著名写手)
★
jghe(金币+1,VIP+0):感谢 2-27 20:20
如果你有amber的话，利用mm-pbsa计算很简单，而且amber还提供了5个例子，很难容易就学会了
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13楼2009-02-27 12:27:46
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Ben9908

银虫 (著名写手)
★
yuhuobuku(金币+1):欢迎参加讨论
如果你一算结合自由能的话，这是很不错的工具·
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14楼2009-02-27 12:28:42
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gwdavid

木虫 (著名写手)

小木虫散兵坑坑长
BEN,这个是免费的么？怎么没找着他的免费说明啊
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个人博客：[url]http://blog.sina.com.cn/gaiwei[/url]
15楼2009-02-27 13:21:59
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fantastic

银虫 (著名写手)
★
yuhuobuku(金币+1):欢迎参加讨论
引用回帖:
Originally posted by gwdavid at 2009-2-27 13:21:
BEN,这个是免费的么？怎么没找着他的免费说明啊

Amber不是免费的，我们实验室的就是买的，应该有版权的。
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16楼2009-02-27 17:19:07
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gwdavid

木虫 (著名写手)

小木虫散兵坑坑长
★
xuefei06(金币+1,VIP+0):感谢交流！ 2-27 23:53
引用回帖:
Originally posted by fantastic at 2009/2/27 17:19:

Amber不是免费的，我们实验室的就是买的，应该有版权的。

AMBER我知道不是免费的
加拿大的这个和Amber有关系么？
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个人博客：[url]http://blog.sina.com.cn/gaiwei[/url]
17楼2009-02-27 17:39:44
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fantastic

银虫 (著名写手)
★
xuefei06(金币+1,VIP+0):thanks！ 2-27 23:52
引用回帖:
Originally posted by gwdavid at 2009-2-27 17:39:


AMBER我知道不是免费的
加拿大的这个和Amber有关系么？

你说的是前面的那个小软件吧，我也不知道是什么关系，我下载下来了，应该是免费的
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18楼2009-02-27 19:10:01
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yalefield

金虫 (文坛精英)

老汉一枚
★ ★ ★
lei0736(金币+3,VIP+0):谢谢 2-27 22:16
Sietraj是免费的，
只是发表论文时，应该引用两篇：

Naïm, M.; Bhat, S.; Rankin, K. N.; Dennis, S.; Chowdhury, S. F.; Siddiqi, I.; Drabik, P.; Sulea, T.; Bayly, C.; Jakalian, A.; Purisima, E. O.
Solvated interaction energy (SIE) for scoring protein-ligand binding affinities. 1. Exploring the parameter space.
J. Chem. Inf. Model. 2007, 47, 122-133.

Cui, Q.; Sulea, T.; Schrag, J. D.; Munger, C.; Hung,M.-N.; Naïm, M., Cygler, M.; Purisima, E. O.
Molecular Dynamics and Solvated Interaction Energy Studies of Protein-Protein Interactions: the MP1-p14 Scaffolding Complex.
J. Mol. Biol. 2008, 379, 787-802.
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19楼2009-02-27 22:12:45
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Ben9908

银虫 (著名写手)
★ ★
gwdavid(金币+2,VIP+0):谢谢！ 2-28 14:58
amber不是免费的，它分两种情况收费，非营利性的单位，如我们搞研究的单位一般收费4000元左右，如果营利性的单位，如制药公司，大概2万元左右
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20楼2009-02-28 13:15:24
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