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风铃双鱼

金虫 (小有名气)

[求助] 突变位点如何定位于哪一个外显子上

如何查找突变位点位于多个外显子的哪一个外显子?

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yesucao

木虫 (正式写手)

首先确认基因参考的是哪个版本的序列,对应的转录本是哪个,最后通过突变位点前后序列碱基就可以定位在具体哪个外显子上了

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2楼2017-11-13 21:34:18
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风铃双鱼

金虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by yesucao at 2017-11-13 21:34:18
首先确认基因参考的是哪个版本的序列,对应的转录本是哪个,最后通过突变位点前后序列碱基就可以定位在具体哪个外显子上了

知道一个正常基因,也知道该基因的突变位点,你知道我去哪里查位于哪个外显子吗?还有一般正常基因可以通过cnki去查吧?

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3楼2017-11-13 22:04:36
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咖啡小屋~~

新虫 (正式写手)

一个基因可以对应不同的转录本,一般应该是用ncbi吧

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每天进步一点点
4楼2017-11-13 22:15:59
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风铃双鱼

金虫 (小有名气)

送红花一朵
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4楼: Originally posted by 咖啡小屋~~ at 2017-11-13 22:15:59
一个基因可以对应不同的转录本,一般应该是用ncbi吧

这样的你看啊,真核生物一个结构基因包括多个外显子和多个内含子,我已经查了序列知道在2145c>T,这个是表示整个外显子的基因的第2145个位点发生点突变,那我如何确定这是哪个外显子,是编码什么的吗?

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5楼2017-11-13 22:21:39
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风铃双鱼

金虫 (小有名气)

引用回帖:
3楼: Originally posted by 风铃双鱼 at 2017-11-13 22:04:36
知道一个正常基因,也知道该基因的突变位点,你知道我去哪里查位于哪个外显子吗?还有一般正常基因可以通过cnki去查吧?
...

怎么给你金币实在不会用这个小木虫

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6楼2017-11-13 22:48:36
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咖啡小屋~~

新虫 (正式写手)

引用回帖:
5楼: Originally posted by 风铃双鱼 at 2017-11-13 22:21:39
这样的你看啊,真核生物一个结构基因包括多个外显子和多个内含子,我已经查了序列知道在2145c>T,这个是表示整个外显子的基因的第2145个位点发生点突变,那我如何确定这是哪个外显子,是编码什么的吗?
...

单从你给的信息,我想不到,怎样查到在哪个外显子上,同意二楼中说的,结合序列来确定,还有之前见过GTF文件,里面包含转录本,外显子,自己位置基因什么的,你可以了解下

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每天进步一点点
7楼2017-11-13 22:49:25
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风铃双鱼

金虫 (小有名气)

送红花一朵
引用回帖:
7楼: Originally posted by 咖啡小屋~~ at 2017-11-13 22:49:25
单从你给的信息,我想不到,怎样查到在哪个外显子上,同意二楼中说的,结合序列来确定,还有之前见过GTF文件,里面包含转录本,外显子,自己位置基因什么的,你可以了解下
...

再次感谢,啥也不会

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8楼2017-11-14 07:26:42
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