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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » 分子对接，遇到瓶颈，求大神指导
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yhhyx

新虫 (初入文坛)

[求助] 分子对接，遇到瓶颈，求大神指导 已有2人参与

最近在用酶与其配体对接，每次对接都不成功，显示配体文件搜不到，这是什么原因，跪求大神指教

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1楼 2017-11-09 21:20:11
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Angle_Hebe

木虫 (正式写手)
啥软件？

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2楼2017-11-09 21:25:32
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xppcomeon

捐助贵宾 (正式写手)
文件类型不识别吧

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3楼2017-11-09 22:53:04
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yhhyx

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by Angle_Hebe at 2017-11-09 21:25:32
啥软件？

autodock，用pymol处理的配体，受体，格点。，对接完成后显示如图，我都尝试了好久了
分子对接，遇到瓶颈，求大神指导



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4楼2017-11-10 14:27:22
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yhhyx

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
3楼: Originally posted by xppcomeon at 2017-11-09 22:53:04
文件类型不识别吧

文件类型，都是按照要求来的。pdb格式，以及gpf格式

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5楼2017-11-10 14:28:27
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Angle_Hebe

木虫 (正式写手)
引用回帖:
4楼: Originally posted by yhhyx at 2017-11-10 14:27:22
autodock，用pymol处理的配体，受体，格点。，对接完成后显示如图，我都尝试了好久了

...

啊，我不会这个，好想学习，你忙完介意教教我么？主要是autodock这个

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6楼2017-11-10 14:53:35
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apparitioncc

铜虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
应该是dpf文件没有生成把，要注意gpf和dpf文件的区别
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7楼2017-11-11 10:40:56
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longdlut

捐助贵宾 (著名写手)

【答案】应助回帖

重新构建盒子，保存成gpf文件，然后重新autogrid
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8楼2017-12-01 14:40:01
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therotyonth

金虫 (正式写手)
autogrid 没有指出gpf文件位置，

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9楼2017-12-02 07:10:07
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