[交流] 【求助】gromacs模拟的问题？

Originally posted by qzhaosdu at 2009-2-22 20:52:
请教各位虫友：
      我已经建立好了一个模型，一个正方形，里面有一个一个球形囊泡，外面被水包围（水充满正方形的剩余空间）。---这个正方形不是模拟的盒子。

      下面我应该怎么做呢？还需要把这么大一 ...

Originally posted by xuefei06 at 2009-2-23 00:21:



你的意思是不是这样，你的体系所有的分子都在正方形内，正方形外没有别的东西了，如果是这样，这个正方形类似与一个化学反应的容器，那么模拟中盒子概念就是相当于这样一个容器，当然由于模拟的体系相对实验 ...

Originally posted by xuefei06 at 2009-2-24 00:14:
ffgmx.itp 是87力场，96的力场有好几个，你可以在gromacs/share/top找到ffG*.itp力场文件，这里力场还各有侧重，具体的我也不太熟悉，你可以看下说明，选择其中一个替换top文件中的ffgmx.itp即可