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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 【求助】gromacs模拟的问题？
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qzhaosdu

金虫 (著名写手)

[交流] 【求助】gromacs模拟的问题？

请教各位虫友：
      我已经建立好了一个模型，一个正方形，里面有一个一个球形囊泡，外面被水包围（水充满正方形的剩余空间）。---这个正方形不是模拟的盒子。

      下面我应该怎么做呢？还需要把这么大一个体系放到盒子里吗？如果需要的话，是不是放到盒子里以后top文件写好了就能直接em，然后md了呢？
  

       谢谢大家！

[ Last edited by lei0736 on 2009-11-13 at 21:39 ]
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1楼 2009-02-22 20:52:10
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xuefei06

木虫 (正式写手)
★ ★
yuhuobuku(金币+2,VIP+0):欢迎参加讨论 2-23 10:45
引用回帖:
Originally posted by qzhaosdu at 2009-2-22 20:52:
请教各位虫友：
      我已经建立好了一个模型，一个正方形，里面有一个一个球形囊泡，外面被水包围（水充满正方形的剩余空间）。---这个正方形不是模拟的盒子。

      下面我应该怎么做呢？还需要把这么大一 ...

你的意思是不是这样，你的体系所有的分子都在正方形内，正方形外没有别的东西了，如果是这样，这个正方形类似与一个化学反应的容器，那么模拟中盒子概念就是相当于这样一个容器，当然由于模拟的体系相对实验来说，太小了，所以一般加上周期边界，来放大模拟体系；
你就按照gromacs的例子中的步骤，只要修改其中部分文件中参数就可以了。
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2楼2009-02-23 00:21:55
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qzhaosdu

金虫 (著名写手)
引用回帖:
Originally posted by xuefei06 at 2009-2-23 00:21:



你的意思是不是这样，你的体系所有的分子都在正方形内，正方形外没有别的东西了，如果是这样，这个正方形类似与一个化学反应的容器，那么模拟中盒子概念就是相当于这样一个容器，当然由于模拟的体系相对实验 ...

对的，版主同学，我就是这个意思，我这个正方形里所有的分子就应该相当于一个蛋白质分子吧，这样我再把这些分子放到一个盒子里去做模拟就可以了吧？

还有一个问题想请教您，小分子我用prodrg的gromacs96.1力场得到了itp文件，然后我在模拟的总的top文件里需要这个itp文件，还要写上水的itp文件，还需要写哪一个呢？例子上都是ffgmx.itp，但是这好像是87的力场参数。。。
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3楼2009-02-23 10:16:10
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xuefei06

木虫 (正式写手)
★ ★ ★
lei0736(金币+3,VIP+0):谢谢 2-24 10:01
ffgmx.itp 是87力场，96的力场有好几个，你可以在gromacs/share/top找到ffG*.itp力场文件，这里力场还各有侧重，具体的我也不太熟悉，你可以看下说明，选择其中一个替换top文件中的ffgmx.itp即可
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4楼2009-02-24 00:14:12
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qzhaosdu

金虫 (著名写手)
引用回帖:
Originally posted by xuefei06 at 2009-2-24 00:14:
ffgmx.itp 是87力场，96的力场有好几个，你可以在gromacs/share/top找到ffG*.itp力场文件，这里力场还各有侧重，具体的我也不太熟悉，你可以看下说明，选择其中一个替换top文件中的ffgmx.itp即可

多谢版主，我已经找到了！
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5楼2009-02-24 15:48:22
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