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yuedanhappy铁杆木虫 (正式写手)
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[求助]
求助：怎么通过CIF文件来判断 晶体是否存在pi-pi堆积?
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求助：怎么通过CIF文件来判断 晶体是否存在pi-pi堆积? 之前在小木虫上找到的方法如下： 用PLATON打开的你的修改好的CIF文件（最好是CIF，别的也可以，如INS，RES） 在菜单PUB---CAL运算，得到*.LIS文件（注意不是XP生成的*.LST),在文件的中间有对不同的环的定义，接着下面给了所定义的所有环的面到心，心到心，边到面和点到面（C-H。。π）的距离以及角度等，挑选心到心距离小于4.0的（当然还要看二面角的大小，距离越小，二面角越小，作用越强。然后借助象MERCURY这样的软件看看你挑选出的作用是否是你想要的（一般想要的是分子间的，分子内的想对于配位作用就不值得提） 最后就用DIMOND做了，找到面插入假原子（插一个，别的对称长出来），连接假原子，编辑一下就得到想要的键了。 我按照此方法，没法运算下去，难道是我的PLATON有问题？ 求助各位大神，希望路过的朋友的能给予解答，谢谢！！！ |
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