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求助：如何有效建立水基球型二氧化硅纳米流体模型？
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作为一名课设强行被换方向的本科生，我只能从头开始啃分子动力学模拟的基础理论。目前尝试用materailstdio建立如题模型，先是利用nanocluster做出2nm二氧化硅球型颗粒，再用armophous cell的confined layer模式将5000个水分子和一个纳米颗粒封装在一起，如图1所示(红圈位置是纳米颗粒球)。对此我有几个疑问想请教一下万能的网友： 1，怎么判断我现在建立的模型规不规范？(PS： armophous cell使用compass力场，Ewald电场设置，建立后使用Forcite，选用compass力场，基于原子的电场，ultrafine精度几何优化过；至于水分子数量是担心2nm纳米颗粒球跑到外面，也试过armophous cell的construct但总提示失败，设置如图2，失败提示如图3) 2，第一点中armophous cell力场需要选用二氧化硅专属力场吗？另外我在构建水分子时怎么判断原子是否被添加力场？ 3，得到的纳米流体模型我发现可以用supercell扩大(xtd格式文件)，这个是什么原因呢？supercell对象应该是晶胞吧？扩大后的模型还有效吗？ 非常感谢各位的热心帮助，谢谢！   图1  图2  图3 |
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。如果可以的话，麻烦您具体说说packing怎么可以保证纳米球一定在晶格中呢？ 
3楼2017-11-05 15:33:16
wengxuanzhou
铁虫 (小有名气)
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2楼2017-11-01 20:51:22
