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3r4gsdvgre4y

新虫 (初入文坛)

[求助] 求助:如何有效建立水基球型二氧化硅纳米流体模型?

作为一名课设强行被换方向的本科生,我只能从头开始啃分子动力学模拟的基础理论。目前尝试用materailstdio建立如题模型,先是利用nanocluster做出2nm二氧化硅球型颗粒,再用armophous cell的confined layer模式将5000个水分子和一个纳米颗粒封装在一起,如图1所示(红圈位置是纳米颗粒球)。对此我有几个疑问想请教一下万能的网友:

      1,怎么判断我现在建立的模型规不规范?(PS: armophous cell使用compass力场,Ewald电场设置,建立后使用Forcite,选用compass力场,基于原子的电场,ultrafine精度几何优化过;至于水分子数量是担心2nm纳米颗粒球跑到外面,也试过armophous cell的construct但总提示失败,设置如图2,失败提示如图3)

      2,第一点中armophous cell力场需要选用二氧化硅专属力场吗?另外我在构建水分子时怎么判断原子是否被添加力场?

      3,得到的纳米流体模型我发现可以用supercell扩大(xtd格式文件),这个是什么原因呢?supercell对象应该是晶胞吧?扩大后的模型还有效吗?

      非常感谢各位的热心帮助,谢谢!

求助:如何有效建立水基球型二氧化硅纳米流体模型?
图1


求助:如何有效建立水基球型二氧化硅纳米流体模型?-1
图2


求助:如何有效建立水基球型二氧化硅纳米流体模型?-2
图3
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wengxuanzhou

铁虫 (小有名气)

也可以用packing 构建你的模型
求助:如何有效建立水基球型二氧化硅纳米流体模型?-3
1.png

流水之为物也,不盈科不行!
2楼2017-11-01 20:51:22
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3r4gsdvgre4y

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
2楼: Originally posted by wengxuanzhou at 2017-11-01 20:51:22
也可以用packing 构建你的模型

1.png

朋友你好,谢谢你的回复!我也试着用过packing建立模型,但总会出现纳米球跑到模型外的情况,密度设置是1.1,utra-fine。如果采用in-cell的调整方式又会导致纳米球分成两部分,割裂开来了。如果可以的话,麻烦您具体说说packing怎么可以保证纳米球一定在晶格中呢?
3楼2017-11-05 15:33:16
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