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s小木偶金虫 (小有名气)
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Gromacs模拟～底物二面角限制 已有1人参与
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想要用Gromacs模拟底物不同程度扭曲的结合能变化，如何设定底物二面角固定不变？restraint/constraint/freeze？我用dihedral_restraint限制二面角，但结果二面角还是有明显变化，是哪里设置不对吗？  发自小木虫IOS客户端 |
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LeeGenuine
至尊木虫 (正式写手)
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感谢参与，应助指数 +1
s小木偶: 金币+100, ★★★很有帮助 2017-11-06 10:03:33
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根据我的经验，只使用dihedral_restraints是不行的，还要限制Angle。Angle和dihedral同时限制，angle的限制力常数设大一些（比如3000）。 另外，不建议用restraints，很容易出错。直接设置[ angles ] [ dihedrals ] 就好。 |
2楼2017-10-13 16:39:38