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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » 【求助】蛋白质三级结构预测
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hxsj

木虫 (正式写手)

[交流] 【求助】蛋白质三级结构预测

我现在手头自己表达了一个蛋白，和PDB中的一个同样蛋白相比，N端比它多了大概几十个氨基酸，其他几乎相同。我想预测出我的蛋白的二级结构和三级结构，找了一些网站来做，但是在swiss model上面做了之后只能给出同源性部分的模型，在predictprotein又只能得到二级结构的信息。在这里请教大家，我怎么才能得到前端多出来的几十个氨基酸的结构以及对整体结构的影响，或者是整个蛋白3D方面的信息。有什么网站或者是软件可以做这件事吗？先谢谢大家了。

[ Last edited by lei0736 on 2009-11-24 at 21:39 ]
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1楼 2009-02-18 16:12:09
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wuhanhgf2002

金虫 (正式写手)
★ ★
hxsj(金币+2,VIP+0):非常感谢 2-19 10:30
前端多出来的一些残基往往对整体构型影响不大，很可能是loop区，如果一定想知道这些残基的三级结构的话应该用同源模建的方法进行从头预测。
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2楼2009-02-19 10:04:12
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hxsj

木虫 (正式写手)
的确是非常想知道这些残基的情况，那我还想问有没有一些网站或是软件可以做这个事情呢？再有我是直接预测这一段残基还是预测整条链比较好呢？
我不太懂，可能问得比较外行，见谅！
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3楼2009-02-19 10:33:12
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wuhanhgf2002

金虫 (正式写手)
★
hxsj(金币+1,VIP+0):这些是不是都是很贵的大型软件呀 2-20 09:29
insightII或者Discoverystudio中的homology可以做
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4楼2009-02-19 22:03:49
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superarm

金虫 (正式写手)
insightII或者Discoverystudio 哪里有下载啊？
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与分子生物学的同仁一起遨游科学的海洋！
5楼2009-02-19 22:08:47
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tjegg

铁杆木虫 (著名写手)
★
hxsj(金币+1,VIP+0):谢谢，那个网站好像不能注册呀 2-20 09:50
modeller的网站可以做，直接把序列给它就可以了。
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除了你的亲人，没有人应该对你好，对你好的人，一定要珍惜。
6楼2009-02-19 23:20:07
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madonion

金虫 (正式写手)
★
hxsj(金币+1,VIP+0):谢谢 4-9 16:44
引用回帖:
Originally posted by superarm at 2009-2-19 22:08:
insightII或者Discoverystudio 哪里有下载啊？

verycd电驴上有
本版也有，好好搜搜
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7楼2009-02-22 17:42:01
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zhengsuqing2

太没技术含量了

太没技术含量了
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8楼2009-04-10 11:35:14
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