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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » LAMMPS/DL_POLY » MS导入Lammps原子跑偏问题
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yangdongjiao

新虫 (小有名气)

[求助] MS导入Lammps原子跑偏问题

求助：用MS建模，本来在下面的原子经过导入Lammps后跑到了上面，这个是什么原因？该怎么解决呢？

MS导入Lammps原子跑偏问题
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MS导入Lammps原子跑偏问题-1
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1楼 2017-10-05 16:24:48
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lywal

银虫 (小有名气)
周期性边界吧

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2楼2017-10-05 18:04:25
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yangdongjiao

新虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by lywal at 2017-10-05 18:04:25
周期性边界吧

谢谢回答。那怎么修改能够恢复的原来的样子？因为这样会影响后续的操作，修改data文件吗？
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3楼2017-10-06 10:08:24
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风云1996

新虫 (小有名气)
边界问题，周期性我觉得没啥影响，在计算时候采用最小镜像法，应该没问题

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4楼2017-10-07 16:04:39
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yangdongjiao

新虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by 风云1996 at 2017-10-07 16:04:39
边界问题，周期性我觉得没啥影响，在计算时候采用最小镜像法，应该没问题

谢谢大神回答，可是我不懂什么是最小镜像法，百度也没能找到有用的信息。问题是现在仿真时红色原子就会从本来是封闭蓝色原子现在跑到上面的那个通道跑出去，没有约束了
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5楼2017-10-09 10:30:10
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yangdongjiao

新虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by 风云1996 at 2017-10-07 16:04:39
边界问题，周期性我觉得没啥影响，在计算时候采用最小镜像法，应该没问题

谢谢大神回答，可是我不知道什么是最小镜像法，百度也没找到可用信息。问题是仿真时红色原子会从本来是封闭的蓝色原子现在跑到上面的那个通道跑出去，没有约束了、
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6楼2017-10-09 10:31:58
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风云1996

新虫 (小有名气)
我说的可能不准确，是minimum image convention。这个可以参考樊老师的博文http://wap.sciencenet.cn/blogview.aspx?id=968600。我没看懂你说说的问题是什么意思，周期性边界不就应该下进上出吗？你要是很在意可以扩大盒子啊。应该不会出现上面的情况。但是实际上我觉得没啥影响。

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7楼2017-10-09 12:23:52
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yangdongjiao

新虫 (小有名气)
引用回帖:
7楼: Originally posted by 风云1996 at 2017-10-09 12:23:52
我说的可能不准确，是minimum image convention。这个可以参考樊老师的博文http://wap.sciencenet.cn/blogview.aspx?id=968600。我没看懂你说说的问题是什么意思，周期性边界不就应该下进上出吗？你要是很在意可以扩 ...

谢谢回答，我尝试增加了体系尺寸
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8楼2017-10-09 15:31:45
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战翼
。

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9楼2018-01-14 18:30:42
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