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mastermix新虫 (初入文坛)
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启动子区域问题，求大神解答！ 已有2人参与
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我先说一下我是怎么找，然后求大神指点！我在NCBI上找到了基因的序列，序列给出了TATAbox和5'UTR位置（疑问是为啥它给出两段5'UTR序列，两段间距离大概有2kb，并且第二段5UTR序列紧挨着ATG）我以第一段5'UTR也就是挨着TATAbox的那段为转录起始点，取-2000bp~+250bp(promoter server 2.0预测这段的可能性比较大)为启动子区域做转录因子预测时结果不如意，转录因子结合可能性都比较小，然后，我把ATG上游4000bp做CPG岛预测时，反而在第二个5UTR区域，也就是ATG上游附近的400bp预测出了CPG岛？！然后我观察发现第一段和第二段UTR之间的这2000bp序列很大一部分都是repeat region ，也就是散在重复序列，我已经凌乱了，到底哪些是启动子区域啊！（图中蓝色为给出的5'UTR,粉色为CDs序列，起始为ATG） 发自小木虫Android客户端 |
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