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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 生物信息 » 启动子区域问题，求大神解答！
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mastermix

新虫 (初入文坛)

[交流] 启动子区域问题，求大神解答！ 已有2人参与

我先说一下我是怎么找，然后求大神指点！我在NCBI上找到了基因的序列，序列给出了TATAbox和5'UTR位置（疑问是为啥它给出两段5'UTR序列，两段间距离大概有2kb，并且第二段5UTR序列紧挨着ATG）我以第一段5'UTR也就是挨着TATAbox的那段为转录起始点，取-2000bp~+250bp(promoter server 2.0预测这段的可能性比较大)为启动子区域做转录因子预测时结果不如意，转录因子结合可能性都比较小，然后，我把ATG上游4000bp做CPG岛预测时，反而在第二个5UTR区域，也就是ATG上游附近的400bp预测出了CPG岛？！然后我观察发现第一段和第二段UTR之间的这2000bp序列很大一部分都是repeat region ，也就是散在重复序列，我已经凌乱了，到底哪些是启动子区域啊！（图中蓝色为给出的5'UTR,粉色为CDs序列，起始为ATG）

启动子区域问题，求大神解答！


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1楼 2017-10-01 12:13:23
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渊博震天

版主 (职业作家)

Yeast Display

优秀版主优秀版主
帮顶

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2楼2017-10-01 15:36:32
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mastermix

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 渊博震天 at 2017-10-01 15:36:32
帮顶

谢谢。谢谢

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3楼2017-10-01 17:49:00
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tomato＆

新虫 (初入文坛)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
我想请教一下那个转录因子你是在哪个网站还是用哪个软件预测的？

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4楼2018-08-05 15:35:31
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