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ln79411749

铜虫 (小有名气)

[交流] 【求助】送金币求教:关于药效团模型的分析

关于药效团模型的分析怎样处理,现在仅仅是得到的药效团,知道他有几个氢键受体,给体,疏水中心,正电荷。能直接通过这个药效团得出一些化合物吗?我是用的sybyl的discotech模块,对于这个药效团怎么能得到他的详细信息,比如这些药效团之间的距离什么的。各路高手能否指点一下,多谢了!

[ Last edited by lei0736 on 2009-11-24 at 21:08 ]
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xuzhj01

金虫 (小有名气)

我用的是catalyst

★ ★ ★
ln79411749(金币+3,VIP+0):多谢 2-19 08:50
第一个问题,你可以通过你得到的药效团做虚拟筛选,通过筛库,得到新的有潜在特性的化合物。【补充一下,得到的药效团最好验证一下,用测试集或者虚拟筛选做富集率】
第二个问题,一般菜单上都有显示距离,以及其他详细信息的菜单,sybyl不清楚,catalyst肯定有的。

[ Last edited by xuzhj01 on 2009-2-18 at 10:48 ]
2楼2009-02-18 10:46:40
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ln79411749

铜虫 (小有名气)

我现在的问题是药效团没有时间做虚拟筛选了,有没有什么方法直接通过药效团设计出化合物来。另外用药效团筛选自己设计的化合物库可以吗?对于自己设计的化合物库有什么要求吗?
3楼2009-02-19 08:53:01
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hw9550

新虫 (初入文坛)

★ ★
mingdong(金币+1,VIP+0):感谢交流! 8-6 21:34
lei0736(金币+1,VIP+0):谢谢 12-30 22:27
基于药效团的虚拟筛选速度是很快的,一般不会存在没有时间的问题吧,Disco的药效团使用Unity作虚拟筛选是很快的。
4楼2009-03-16 08:46:20
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PSA

专家顾问 (著名写手)

★ ★
mingdong(金币+1,VIP+0):感谢交流! 8-6 21:34
lei0736(金币+1,VIP+0):谢谢 12-30 22:27
DS就可以用自已建的库来筛选的
5楼2009-04-25 14:44:20
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caixin5120

木虫 (正式写手)


★ ★
mingdong(金币+1,VIP+0):感谢交流! 8-6 21:35
lei0736(金币+1,VIP+0):谢谢 12-30 22:28
Unity 只能用来 做虚筛!
sybyl 里面你定义的药效团不是很细仔的话 需要的时间稍微长点,如果药效团定义得比较细仔 筛选时间就相当少,很快:)
6楼2009-06-14 00:18:31
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arthurii

木虫 (正式写手)

引用回帖:
Originally posted by xuzhj01 at 2009-2-18 10:46:
第一个问题,你可以通过你得到的药效团做虚拟筛选,通过筛库,得到新的有潜在特性的化合物。【补充一下,得到的药效团最好验证一下,用测试集或者虚拟筛选做富集率】
第二个问题,一般菜单上都有显示距离,以及其 ...

我想问问,富集率要多少才可信呢?
7楼2009-08-06 13:48:13
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蒋晓龙

木虫 (著名写手)


lei0736(金币+1,VIP+0):谢谢 12-30 22:28
Unity 只能用来 做虚筛
菜问
8楼2009-12-30 22:26:17
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