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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » 【求助】送金币求教：关于药效团模型的分析
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【有奖交流】积极回复本帖子，参与交流，就有机会分得作者 ln79411749 的 7 个金币

ln79411749

铜虫 (小有名气)

[交流] 【求助】送金币求教：关于药效团模型的分析

关于药效团模型的分析怎样处理，现在仅仅是得到的药效团，知道他有几个氢键受体，给体，疏水中心，正电荷。能直接通过这个药效团得出一些化合物吗？我是用的sybyl的discotech模块，对于这个药效团怎么能得到他的详细信息，比如这些药效团之间的距离什么的。各路高手能否指点一下，多谢了！

[ Last edited by lei0736 on 2009-11-24 at 21:08 ]
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1楼 2009-02-17 14:23:42
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xuzhj01

金虫 (小有名气)

我用的是catalyst

★ ★ ★
ln79411749(金币+3,VIP+0):多谢 2-19 08:50
第一个问题，你可以通过你得到的药效团做虚拟筛选，通过筛库，得到新的有潜在特性的化合物。【补充一下，得到的药效团最好验证一下，用测试集或者虚拟筛选做富集率】
第二个问题，一般菜单上都有显示距离，以及其他详细信息的菜单，sybyl不清楚，catalyst肯定有的。

[ Last edited by xuzhj01 on 2009-2-18 at 10:48 ]
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2楼2009-02-18 10:46:40
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ln79411749

铜虫 (小有名气)
我现在的问题是药效团没有时间做虚拟筛选了，有没有什么方法直接通过药效团设计出化合物来。另外用药效团筛选自己设计的化合物库可以吗？对于自己设计的化合物库有什么要求吗？
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3楼2009-02-19 08:53:01
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hw9550

新虫 (初入文坛)
★ ★
mingdong(金币+1,VIP+0):感谢交流！ 8-6 21:34
lei0736(金币+1,VIP+0):谢谢 12-30 22:27
基于药效团的虚拟筛选速度是很快的，一般不会存在没有时间的问题吧，Disco的药效团使用Unity作虚拟筛选是很快的。
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4楼2009-03-16 08:46:20
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PSA

专家顾问 (著名写手)
★ ★
mingdong(金币+1,VIP+0):感谢交流！ 8-6 21:34
lei0736(金币+1,VIP+0):谢谢 12-30 22:27
DS就可以用自已建的库来筛选的
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5楼2009-04-25 14:44:20
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caixin5120

木虫 (正式写手)
★ ★
mingdong(金币+1,VIP+0):感谢交流！ 8-6 21:35
lei0736(金币+1,VIP+0):谢谢 12-30 22:28
Unity 只能用来 做虚筛！
sybyl 里面你定义的药效团不是很细仔的话 需要的时间稍微长点，如果药效团定义得比较细仔 筛选时间就相当少，很快：）
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6楼2009-06-14 00:18:31
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arthurii

木虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by xuzhj01 at 2009-2-18 10:46:
第一个问题，你可以通过你得到的药效团做虚拟筛选，通过筛库，得到新的有潜在特性的化合物。【补充一下，得到的药效团最好验证一下，用测试集或者虚拟筛选做富集率】
第二个问题，一般菜单上都有显示距离，以及其 ...

我想问问，富集率要多少才可信呢？
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7楼2009-08-06 13:48:13
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蒋晓龙

木虫 (著名写手)
★
lei0736(金币+1,VIP+0):谢谢 12-30 22:28
Unity 只能用来 做虚筛
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菜问
8楼2009-12-30 22:26:17
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