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求助微生物基因分型的问题
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已经通过鉴定确定了菌株，但不确定到底属于哪个种属，请问谁知道哪个公司可以鉴定？ |
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云中鸿鹄
金虫 (著名写手)
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2楼2017-09-25 16:05:52
suyouzhen
铁杆木虫 (小有名气)
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细菌测16s核糖体通用引物PCR扩增子，Sanger一代双向测序，拼装reads,数据库比对，建立个进化树看聚到那一类群，鉴定到种的水平一般没问题。这种常规套路自己就能做，烂大街的技术了，交给那些生物公司猫腻太多净坑钱。 发自小木虫Android客户端 |
3楼2017-09-25 16:29:25
4楼2017-09-26 08:41:51
5楼2017-09-26 08:57:09
suyouzhen
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这种情况常见，大多数人扩的都是16s部分片段，拿不到全长16s，拼装得到那几百个bp不足以提供种鉴定的信息。所以往往会加测16s23s间隔区，或者加测核糖体蛋白基因，或者保守的看家基因，然后做个多位点片段的串联再分析。这跟有没有核糖体数据库没关系，生物公司用的也是公共数据库。 发自小木虫Android客户端 |
6楼2017-09-26 14:47:35