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追逐科研梦

铁虫 (初入文坛)

[求助] 求助微生物基因分型的问题

已经通过鉴定确定了菌株,但不确定到底属于哪个种属,请问谁知道哪个公司可以鉴定?
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云中鸿鹄

金虫 (著名写手)

尽最大的努力
2楼2017-09-25 16:05:52
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suyouzhen

铁杆木虫 (小有名气)

细菌测16s核糖体通用引物PCR扩增子,Sanger一代双向测序,拼装reads,数据库比对,建立个进化树看聚到那一类群,鉴定到种的水平一般没问题。这种常规套路自己就能做,烂大街的技术了,交给那些生物公司猫腻太多净坑钱。

发自小木虫Android客户端
3楼2017-09-25 16:29:25
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追逐科研梦

铁虫 (初入文坛)

引用回帖:
2楼: Originally posted by 云中鸿鹄 at 2017-09-25 16:05:52
推荐美吉生物

好的,谢谢
4楼2017-09-26 08:41:51
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追逐科研梦

铁虫 (初入文坛)

引用回帖:
3楼: Originally posted by suyouzhen at 2017-09-25 16:29:25
细菌测16s核糖体通用引物PCR扩增子,Sanger一代双向测序,拼装reads,数据库比对,建立个进化树看聚到那一类群,鉴定到种的水平一般没问题。这种常规套路自己就能做,烂大街的技术了,交给那些生物公司猫腻太多净坑钱 ...

谢谢您!我不是研究分子的,所以对这些一窍不通。菌在NCBI上比对与几个种属都相似,现在就想确定分离出来的菌株到底属于哪一个种,自己不会做,就想咨询下哪个公司有RDP数据库可以帮忙做的。
5楼2017-09-26 08:57:09
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suyouzhen

铁杆木虫 (小有名气)

这种情况常见,大多数人扩的都是16s部分片段,拿不到全长16s,拼装得到那几百个bp不足以提供种鉴定的信息。所以往往会加测16s23s间隔区,或者加测核糖体蛋白基因,或者保守的看家基因,然后做个多位点片段的串联再分析。这跟有没有核糖体数据库没关系,生物公司用的也是公共数据库。

发自小木虫Android客户端
6楼2017-09-26 14:47:35
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