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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » MS » 【求助】请教关于用PBS提交DMOl3作业的问题
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【有奖交流】积极回复本帖子，参与交流，就有机会分得作者 he23981006 的 5 个金币

he23981006

铁杆木虫 (小有名气)

[交流] 【求助】请教关于用PBS提交DMOl3作业的问题

向各位虫友请教一个问题:
      DMOl3在集群下装好后,直接在命令行提交是可以进行计算的,并串行都可以,但有个问题是不能排队. 因此尝试用pbs脚本提交作业,总是不能成功,而同样的脚本对CASTEP却没有问题.脚本如下:
mpirun -np 14 -machinefile $PBS_NODEFILE /public/home/user/ms3.0/CASTEP/bin/castepexe_mpi.exe CrBN222pf,

将"castepexe_mpi.exe "换成"dmol3_mpi.exe"进行计算时总是出错.不知大家的脚本是怎样写的,在此请教大家一下.

[ Last edited by he23981006 on 2009-2-14 at 10:09 ]
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1楼 2009-02-14 10:04:50
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dlyao

你是高手，高手的帖子一定要顶的。不过怎么还用ms3.0？
这个帖子对我很有用，正在寻找怎么使用mpi呢，多谢。
不过请问，这个$PBS_NODEFILE对应到LSF是什么？我们这里的排队系统是LSF。
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2楼2009-02-17 02:22:37
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dlyao

是我菜了，这个$PBS_NODEFILE其实就是一个计算节点的列表对应的文件而已。我知道了。不过4.3下一执行阿，还是很多错误。不过我先试的dmol，没有试castep，等下空了试试看castep。
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3楼2009-02-17 08:39:44
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he23981006

铁杆木虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by dlyao at 2009-2-17 08:39:
是我菜了，这个$PBS_NODEFILE其实就是一个计算节点的列表对应的文件而已。我知道了。不过4.3下一执行阿，还是很多错误。不过我先试的dmol，没有试castep，等下空了试试看castep。

呵呵，好的，但愿你早点调成功！
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4楼2009-02-17 12:20:11
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