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w1angp2eng

金虫 (小有名气)

[求助] 如何寻找不同物种间某一基因同源序列或保守序列? 已有2人参与

各位大侠,如何设计一个在其他物种中已知的基因序列,而在准备研究物种中未知序列的引物?
     也就是如何通过寻找同源序列,这个对于生物相关专业好头疼,望助!
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jinnini125

木虫 (小有名气)


西门吹雪170: 金币+1, 鼓励回帖交流 2017-09-02 22:33:05
在NCBI上找到这个已知基因的已知物种里的序列,最起码要5个物种,然后多序列比对,找到同源性高的一致区域,设计兼并引物,再来扩增你的物种

发自小木虫IOS客户端
2楼2017-09-02 11:11:32
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w1angp2eng

金虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by jinnini125 at 2017-09-02 11:11:32
在NCBI上找到这个已知基因的已知物种里的序列,最起码要5个物种,然后多序列比对,找到同源性高的一致区域,设计兼并引物,再来扩增你的物种

多序列比对如何操作呢?求教
3楼2017-09-02 11:29:17
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zhouxfd

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
从不同物种中下载该基因的序列,用clusterOmega做序列分析,找到保守的位置设计引物
4楼2017-09-03 04:41:32
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Q_小白

新虫 (小有名气)

引用回帖:
3楼: Originally posted by w1angp2eng at 2017-09-02 11:29:17
多序列比对如何操作呢?求教...

同问!

发自小木虫Android客户端
5楼2017-09-06 00:40:16
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Q_小白

新虫 (小有名气)

楼主解决这个问题了吗?

发自小木虫Android客户端
6楼2017-09-06 00:40:50
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Q_小白

新虫 (小有名气)

难道不应该是下载已知基因在其他物种中的序列,然后和研究物种同源性比对?找出保守序列再设引物?不是这样吗?

发自小木虫Android客户端
7楼2017-09-06 00:51:07
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snoopytbw

荣誉版主 (著名写手)

【答案】应助回帖

http://www.ebi.ac.uk/Tools/psa/emboss_water/nucleotide.html
试试这个,或者blast
https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi
blast其实也可以比对的,试试看吧
8楼2017-09-06 08:42:28
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小球qyw

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
6楼: Originally posted by Q_小白 at 2017-09-06 00:40:50
楼主解决这个问题了吗?

我之前也在找一个没有被报道过物种的保守序列,感觉同一个目或者相邻目的序列比较好,再用MEGA进行alignment,我看DNAMAN好像也可以alignment。我用这个保守序列来设计引物。不过我引物电泳跑的很奇怪,能看到条带但引物效率不高
9楼2018-01-13 15:39:11
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