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w1angp2eng

金虫 (小有名气)

[求助] 如何寻找不同物种间某一基因同源序列或保守序列？ 已有2人参与

各位大侠，如何设计一个在其他物种中已知的基因序列，而在准备研究物种中未知序列的引物？
     也就是如何通过寻找同源序列，这个对于生物相关专业好头疼，望助！
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1楼 2017-09-02 10:42:23
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jinnini125

木虫 (小有名气)
★
西门吹雪170: 金币+1, 鼓励回帖交流 2017-09-02 22:33:05
在NCBI上找到这个已知基因的已知物种里的序列，最起码要5个物种，然后多序列比对，找到同源性高的一致区域，设计兼并引物，再来扩增你的物种

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2楼2017-09-02 11:11:32
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w1angp2eng

金虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by jinnini125 at 2017-09-02 11:11:32
在NCBI上找到这个已知基因的已知物种里的序列，最起码要5个物种，然后多序列比对，找到同源性高的一致区域，设计兼并引物，再来扩增你的物种

多序列比对如何操作呢？求教
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3楼2017-09-02 11:29:17
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zhouxfd

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
从不同物种中下载该基因的序列，用clusterOmega做序列分析，找到保守的位置设计引物
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4楼2017-09-03 04:41:32
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Q_小白

新虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by w1angp2eng at 2017-09-02 11:29:17
多序列比对如何操作呢？求教...

同问！

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5楼2017-09-06 00:40:16
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Q_小白

新虫 (小有名气)
楼主解决这个问题了吗？

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6楼2017-09-06 00:40:50
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Q_小白

新虫 (小有名气)
难道不应该是下载已知基因在其他物种中的序列，然后和研究物种同源性比对？找出保守序列再设引物？不是这样吗？

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7楼2017-09-06 00:51:07
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snoopytbw

荣誉版主 (著名写手)

【答案】应助回帖

http://www.ebi.ac.uk/Tools/psa/emboss_water/nucleotide.html
试试这个，或者blast
https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi
blast其实也可以比对的，试试看吧
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8楼2017-09-06 08:42:28
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小球qyw

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
6楼: Originally posted by Q_小白 at 2017-09-06 00:40:50
楼主解决这个问题了吗？

我之前也在找一个没有被报道过物种的保守序列，感觉同一个目或者相邻目的序列比较好，再用MEGA进行alignment，我看DNAMAN好像也可以alignment。我用这个保守序列来设计引物。不过我引物电泳跑的很奇怪，能看到条带但引物效率不高
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9楼2018-01-13 15:39:11
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