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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 微生物 » 分类/鉴定 » NCBI比对显示，和好几个菌株（同一种）都是E-value 0.0, ident 99%
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ilovecats

木虫 (正式写手)

[求助] NCBI比对显示，和好几个菌株（同一种）都是E-value 0.0, ident 99% 已有1人参与

请教各位专家，
我从样品中分离出一个菌株进行了鉴定，NCBI比对显示，和好几个菌株（同一种）都是E-value 0.0, ident为99%.请问：
1.比对结果的第一个是不能培养的菌？那我分离出的菌株是不是不可以写第一个结果？
2.后面几个结果都是Bacillus thermoamylovorans 下的不同菌株，且它们的E值、identity、query coverage等值都一样。那我分离的到底是结果中的哪一种？
3.结果第2条：Bacillus thermoamylovorans strain Amp-choc19是这个菌株的名字吧，其中的“Amp-choc”是什么意思？为什么和其他的菌株命名方式不一样？
谢谢专家们！
NCBI比对显示，和好几个菌株（同一种）都是E-value 0.0, ident 99%
B4.jpg
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1楼 2017-08-26 11:01:03
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品茗听雨0530

铁虫 (小有名气)
首先你的目的是鉴定你分离的菌株，结果很明确是Bacillus thermoamylovorans ，你的目的达到了。至于这些序列菌名后的符号，都是对菌株的具体描述，对你鉴定帮助不大，不过你也可以将你的序列投递到Genbank，然后给你的菌株起个名字

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2楼2017-08-26 15:09:56
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ilovecats

木虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 品茗听雨0530 at 2017-08-26 15:09:56
首先你的目的是鉴定你分离的菌株，结果很明确是Bacillus thermoamylovorans ，你的目的达到了。至于这些序列菌名后的符号，都是对菌株的具体描述，对你鉴定帮助不大，不过你也可以将你的序列投递到Genbank，然后给你 ...

您好，谢谢您的答复！我做的是细菌完成图测序，也是刚接触这一领域，看的文献中，都会把菌描述到菌株等级，如果我在自己的论文中，不描述到菌株等级，直接说我样品中的Bacillus thermoamylovorans有哪些功能基因，审稿人会觉得不专业吗？
谢谢您！另外，您的答复如果设置成应助的话，我就可以送您金币哈，谢谢~~
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3楼2017-08-26 21:04:53
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品茗听雨0530

铁虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
ilovecats: 金币+20, ★★★★★最佳答案 2017-08-27 14:10:06
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3楼: Originally posted by ilovecats at 2017-08-26 21:04:53
您好，谢谢您的答复！我做的是细菌完成图测序，也是刚接触这一领域，看的文献中，都会把菌描述到菌株等级，如果我在自己的论文中，不描述到菌株等级，直接说我样品中的Bacillus thermoamylovorans有哪些功能基因， ...

我一般都会将测序得到的序列投递到Genbank中，得到一个你截屏中独特的accession号，写文章时会用到这个号。至于菌株号，其实是在投递序列时自己给的，没什么神秘的。

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4楼2017-08-26 21:20:10
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ilovecats

木虫 (正式写手)
引用回帖:
4楼: Originally posted by 品茗听雨0530 at 2017-08-26 21:20:10
我一般都会将测序得到的序列投递到Genbank中，得到一个你截屏中独特的accession号，写文章时会用到这个号。至于菌株号，其实是在投递序列时自己给的，没什么神秘的。
...

好的，谢谢！那我在写论文时，也就把提交得到的accession写上，对于细菌的菌株名，就自己取名？比如是从土中取的，我就命名为Bacillus thermoamylovorans S1，可以吗，审稿人不会问我命名的原因吧
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5楼2017-08-27 14:12:04
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品茗听雨0530

铁虫 (小有名气)
引用回帖:
5楼: Originally posted by ilovecats at 2017-08-27 14:12:04
好的，谢谢！那我在写论文时，也就把提交得到的accession写上，对于细菌的菌株名，就自己取名？比如是从土中取的，我就命名为Bacillus thermoamylovorans S1，可以吗，审稿人不会问我命名的原因吧...

可以的，不过最好按照你截屏里序列的格式，比如加上基因等。只要序列投递后拿到accession号，审稿人是不会问有关菌株、序列之类问题的。

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6楼2017-08-27 14:54:14
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