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[求助]请教namd在同源建模结构优化上的应用
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看到文献有利用namd进行同源建模结果的优化，但是讲的不太具体，想请问下各位虫友，这个得出的具体结果是什么形式的呢？我利用其中的能量最小化后进行了分子动力学模拟，得到了一个dcd文件。这应该是个轨迹？那么我如何得知那个结构是最优的呢？又或者说如何从轨迹中提取pdb文件呢？ [ Last edited by zdhlover on 2009-12-1 at 13:29 ] |
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