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LAMMPS计算水分子扩散系数 已有3人参与
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想研究水分子在分子筛里面的自由扩散系数，in文件如下 ----------------------------------------------------------------------------------- units real atom_style full bond_style harmonic angle_style harmonic dihedral_style harmonic boundary p p p #Build the model read_data w1.data variable T equal 298.15 group zeo type 1 2 3 group water type 4 5 #Specify the potential pair_style hybrid lj/cut/coul/long 9.0 10.0 lj/cut/tip4p/long 4 5 3 4 0.125 10.0 pair_coeff 1 1 lj/cut/coul/long 0.0 0.0 pair_coeff 1 2 lj/cut/coul/long 0.0 0.0 pair_coeff 1 3 lj/cut/coul/long 0.0 0.0 pair_coeff 2 2 lj/cut/coul/long 0.0 0.0 pair_coeff 2 3 lj/cut/coul/long 0.0 0.0 pair_coeff 3 3 lj/cut/coul/long 0.0 0.0 pair_coeff 1 4 lj/cut/coul/long 0.28672 3.58600 pair_coeff 1 5 lj/cut/coul/long 0.0 0.0 pair_coeff 2 4 lj/cut/coul/long 0.22282 3.42950 pair_coeff 2 5 lj/cut/coul/long 0.0 0.0 pair_coeff 3 4 lj/cut/coul/long 0.17394 3.08200 pair_coeff 3 5 lj/cut/coul/long 0.0 0.0 pair_coeff 4 4 lj/cut/tip4p/long 0.16275 3.16435 pair_coeff 4 5 lj/cut/tip4p/long 0.0 0.0 pair_coeff 5 5 lj/cut/tip4p/long 0.0 0.0 # Coulomb interaction kspace_style pppm/tip4p 1.0e-5 thermo 100 neighbor 2.0 bin neigh_modify delay 0 every 1 check yes min_style fire minimize 1.0e-8 1.0e-10 50000 100000 fix 1 water nvt temp 298.15 298.15 0.001 compute mymsd water msd com yes variable msdx equal c_mymsd[1] variable msdy equal c_mymsd[2] variable msdz equal c_mymsd[3] variable msdtot equal c_mymsd[4] variable timestep equal step fix mymsd all ave/time 1 1 5000 c_mymsd[4] file tmp.avetime fix 2 all print 10 & "${timestep} ${msdx} ${msdy} ${msdz} ${msdtot}" & screen no file tmp.print & title "#Mean Square Displacement\n #x y z total" #Output dump 1 water custom 5000 Position.txt id type x y z dump 2 all xyz 5000 Result.xyz #Run timestep 1.0 run 2000000 ----------------------------------------------------------------------------- 运行后会提示：ERROR: Out of range atoms - cannot compute PPPM (../pppm_tip4p.cpp:107) 按照说明书的提示，将timestep改到0.001，作业才能正常运行。但总步长结束后，水分子基本不怎么动，MSD图也是折线型的，一段一段的。不知道问题在哪里？  |
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