| 查看: 8276 | 回复: 8 | ||
| 当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖 | ||
[求助]
LAMMPS计算水分子扩散系数 已有3人参与
|
||
|
想研究水分子在分子筛里面的自由扩散系数，in文件如下 ----------------------------------------------------------------------------------- units real atom_style full bond_style harmonic angle_style harmonic dihedral_style harmonic boundary p p p #Build the model read_data w1.data variable T equal 298.15 group zeo type 1 2 3 group water type 4 5 #Specify the potential pair_style hybrid lj/cut/coul/long 9.0 10.0 lj/cut/tip4p/long 4 5 3 4 0.125 10.0 pair_coeff 1 1 lj/cut/coul/long 0.0 0.0 pair_coeff 1 2 lj/cut/coul/long 0.0 0.0 pair_coeff 1 3 lj/cut/coul/long 0.0 0.0 pair_coeff 2 2 lj/cut/coul/long 0.0 0.0 pair_coeff 2 3 lj/cut/coul/long 0.0 0.0 pair_coeff 3 3 lj/cut/coul/long 0.0 0.0 pair_coeff 1 4 lj/cut/coul/long 0.28672 3.58600 pair_coeff 1 5 lj/cut/coul/long 0.0 0.0 pair_coeff 2 4 lj/cut/coul/long 0.22282 3.42950 pair_coeff 2 5 lj/cut/coul/long 0.0 0.0 pair_coeff 3 4 lj/cut/coul/long 0.17394 3.08200 pair_coeff 3 5 lj/cut/coul/long 0.0 0.0 pair_coeff 4 4 lj/cut/tip4p/long 0.16275 3.16435 pair_coeff 4 5 lj/cut/tip4p/long 0.0 0.0 pair_coeff 5 5 lj/cut/tip4p/long 0.0 0.0 # Coulomb interaction kspace_style pppm/tip4p 1.0e-5 thermo 100 neighbor 2.0 bin neigh_modify delay 0 every 1 check yes min_style fire minimize 1.0e-8 1.0e-10 50000 100000 fix 1 water nvt temp 298.15 298.15 0.001 compute mymsd water msd com yes variable msdx equal c_mymsd[1] variable msdy equal c_mymsd[2] variable msdz equal c_mymsd[3] variable msdtot equal c_mymsd[4] variable timestep equal step fix mymsd all ave/time 1 1 5000 c_mymsd[4] file tmp.avetime fix 2 all print 10 & "${timestep} ${msdx} ${msdy} ${msdz} ${msdtot}" & screen no file tmp.print & title "#Mean Square Displacement\n #x y z total" #Output dump 1 water custom 5000 Position.txt id type x y z dump 2 all xyz 5000 Result.xyz #Run timestep 1.0 run 2000000 ----------------------------------------------------------------------------- 运行后会提示：ERROR: Out of range atoms - cannot compute PPPM (../pppm_tip4p.cpp:107) 按照说明书的提示，将timestep改到0.001，作业才能正常运行。但总步长结束后，水分子基本不怎么动，MSD图也是折线型的，一段一段的。不知道问题在哪里？  |
回复此楼» 猜你喜欢
有多少人是今天查系统知道结果的？
已经有17人回复
-
为什么资助数各大高校都创新高，自己申请怎么就这么难
已经有8人回复
-
导师吐槽：我怎么摊上了这么个极品研究生！
已经有7人回复
-
青基如何破局
已经有7人回复
-
基金不中，共勉
已经有10人回复
-
国自然面上复盘~欢迎讨论
已经有11人回复
-
基金未中，这种答复是模板吗？
已经有6人回复
-
看板上这么多中的，有点像50人群里49个人都是骗子的那种感觉……
已经有6人回复
-
怎么看青基中了没有啊
已经有5人回复
-
梦想
已经有3人回复
» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
3楼2017-08-23 09:34:41
2楼2017-08-23 09:17:30
4楼2017-08-23 10:54:24
5楼2017-08-23 11:56:17
投票:
