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【求助】关于同源建模的结果优化
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各位虫友好： 最近开始接触分子对接，最开始时需要建个模型，用的是swiss-model，那么，我想知道，如何对同源建模的结果进行优化呢？我有看说用分子动力学方法进行能量最小化，由于没有商业软件，我用的是namd，那么，相应的结果是什么样的形式呢？按我的想法，最后应该是有新的pdb文件吧？可是能得到的是个分子轨迹文件dcd，不知道怎么样才能得到能量最低的构象，希望各位虫友指教 [ Last edited by zdhlover on 2009-11-30 at 15:25 ] |
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mingdong(金币+1,VIP+0):谢谢！ 2-11 16:53
zh1987hs(金币+1,VIP+0):恩，开始就是不知道如何具体的从动力学模拟中提取想要的结果 2-13 13:34
mingdong(金币+1,VIP+0):谢谢！ 2-11 16:53
zh1987hs(金币+1,VIP+0):恩，开始就是不知道如何具体的从动力学模拟中提取想要的结果 2-13 13:34
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3楼2009-02-11 16:32:04
gwdavid
木虫 (著名写手)
小木虫散兵坑坑长
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- 专业: 生化分析及生物传感
2楼2009-02-11 12:40:36