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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » 【求助】关于同源建模的结果优化
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zh1987hs

金虫 (著名写手)

分子模拟新手

[交流] 【求助】关于同源建模的结果优化

各位虫友好：
  最近开始接触分子对接，最开始时需要建个模型，用的是swiss-model，那么，我想知道，如何对同源建模的结果进行优化呢？我有看说用分子动力学方法进行能量最小化，由于没有商业软件，我用的是namd，那么，相应的结果是什么样的形式呢？按我的想法，最后应该是有新的pdb文件吧？可是能得到的是个分子轨迹文件dcd，不知道怎么样才能得到能量最低的构象，希望各位虫友指教

[ Last edited by zdhlover on 2009-11-30 at 15:25 ]
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1楼 2009-02-10 14:14:33
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匿名

用户注销 (小有名气)
★ ★
mingdong(金币+1,VIP+0):谢谢！ 2-11 16:53
zh1987hs(金币+1,VIP+0):恩，开始就是不知道如何具体的从动力学模拟中提取想要的结果 2-13 13:34
本帖仅楼主可见
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3楼2009-02-11 16:32:04
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gwdavid

木虫 (著名写手)

小木虫散兵坑坑长
★ ★
mingdong(金币+1,VIP+0):感谢帮助！ 2-11 14:32
zh1987hs(金币+1,VIP+0):呵呵，谢谢，我后来也找到了。。。。 2-13 13:33
一般情况下是将平衡时间内的轨迹取平均构象（PDB格式，这个命令各个动力学软件都有），之后再对该PDB文件进行能量优化得到一个最终构象
赞一下(11人) 回复此楼
个人博客：[url]http://blog.sina.com.cn/gaiwei[/url]
2楼2009-02-11 12:40:36
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