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【分享】guassian使用经验
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guassian使用经验 经过一段时间对GAUSSIAN的使用,发现不仅有助于加深对量子化学 的了解,而且可以巩固光谱学方面的理论知识。至少在研究光谱学理论 方面,GAUSSIAN是确实一个相当不错的东西。在使用中,也遇到很多问 题,而且在GAUSSIAN的帮助文件中没有涉及。这些问题有的是靠自己解 决的,有的是和别人探讨的,还有的是从网上或者文献中查到的。 受本人研究方向所限,文中涉及的大多数都是处理分子激发态方面 的问题。如果在分子光谱学(包括红外、拉曼、可见紫外)方面的知识 有欠缺的话,建议先看一看哈里斯和伯特卢西写的《对称性与光谱学》 (胡玉才,戴寰译,高等教育出版社,1988),这是一本浅显易懂的速 成书籍。 本人水平有限,对有些问题的理解可能有误,欢迎批评指正。 §1-1.内存与速度问题 G98W默认的内存是128兆,我以前一直用64兆,计算机是P233,所 以奇慢无比。我后来发现,在计算之前把所有的杀毒程序都关闭(我的 计算机上装了三个),可以节省时间20%。后来又加了一条64兆内存, 时间就减少到原来的一半。如果把计算机换成P300,用128兆内存,只 需要从前五分之一的时间。而且大的内存支持更大的基组。所以计算机 配置可马虎不得。 §1-2.GAUSSIAN输入的一个注意事项 输入的分子核坐标(包括键长和键角)必须是实型,不能是整型, 否则会报错。例如,键长2.0埃,可以写成r=2.或者r=2.0,不能写成 r=2。 §1-3.GAUSSIAN的缺陷 对于含有重原子的分子来说,光谱项的自旋、轨道角动量已经失去 了意义,这个时候的光谱项应该用自旋-轨道耦合总角动量的各个分量 Ω表示。例如,一氯化铊分子的3Π电子态,在实验上观察到的是两个 分得很开的Ω分量:A0+态和B1态。但是GAUSSIAN仅能处理含有从H原子 到Cl原子的分子(因为不是重原子,所以没有必要),只能算是80年代 初期的水平。目前处理这类问题,除了自己编程,一般是使用MOLFDIR 程序。 [ Last edited by xuefei06 on 2009-2-10 at 18:27 ] |
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(二)关于基组的设置 §2-1.基组 基组有两种,一种是全电子基组,另一种是价电子基组。价电子基 组对内层的电子用包含了相对论效应的赝势(缩写PP,也称为模型势, 有效核势,缩写ECP)进行近似。以铟原子为例,可以输入下面的命令 来观察铟原子3-21G基组的形式: # 3-21G GFPrint In 0,2 In 输出结果为: 3-21G (6D, 7F) S 3 1.00 N=1层,s轨道 .1221454700E+05 .6124760000E-01 .1848913600E+04 .3676754000E+00 .4063683300E+03 .6901359000E+00 SP 3 1.00 N=2层,s和p轨道 .5504422550E+03 -.1127094330E+00 .1523702990E+00 .1197743540E+03 .8344349530E-01 .6096507530E+00 .3866926950E+02 .9696880360E+00 .3970249500E+00 SP 3 1.00 N=3层,s和p轨道 .4702931320E+02 -.2758954250E+00 -.1408484750E+00 .2249642350E+02 .5977348150E-01 .5290866940E+00 .6697116970E+01 .1082147540E+01 .6620681110E+00 D 3 1.00 N=3层,d轨道 .1021735600E+03 .1205559000E+00 .2839463200E+02 .4884976000E+00 .8924804500E+01 .5850190000E+00 SP 3 1.00 N=4层,s和p轨道 .6572360380E+01 .4284830560E+00 .1091304620E-01 .2502157560E+01 -.4633643610E+00 .5036758870E+00 .9420245940E+00 -.8219679320E+00 .5581808650E+00 D 3 1.00 N=4层,d轨道 .4535363700E+01 .2508574000E+00 .1537148100E+01 .5693113000E+00 .4994922600E+00 .3840635000E+00 以上都是内层电子轨道,每个轨道用三个高斯型函数拟合, 也就是3-21G中的3。 SP 2 1.00 N=5层,s和p轨道 .1001221380E+01 -.4364171950E+00 -.2316333510E-01 .1659704190E+00 .1189893480E+01 -.9903308880E+00 这是价电子轨道,每个轨道用二个高斯型函数拟合,也就 是3-21G中的2。 SP 1 1.00 N=6层,s和p轨道 .5433974090E-01 .1000000000E+01 .1000000000E+01 这是空轨道,每个轨道用一个高斯型函数拟合,也就是 3-21G中的1。 可见3-21G是全电子基组。再看看铟原子LanL2DZ基组的结果: LANL2DZ (5D, 7F) S 2 1.00 .4915000000E+00 -.4241868100E+01 .3404000000E+00 .4478482600E+01 S 1 1.00 .7740000000E-01 .1000000000E+01 P 2 1.00 .9755000000E+00 -.1226473000E+00 .1550000000E+00 .1041757100E+01 P 1 1.00 .4740000000E-01 .1000000000E+01 这些都是价电子轨道。在ECP上加上了双zeta(DZ)基组。所以LanL2DZ 是价电子基组。 在GAUSSIAN中,CEP也是很重要的价电子基组,并且98版中对元素 的适用范围扩大到了86号元素Rn。需要注意的是,超过了Ar元素后,每 一种元素的CEP-4G,CEP-31G,CEP-121G是等价的(和加了极化*的CEP 还是有区别的)。SDD适用于除了Fr和Ra以外的所有元素,但是结果的 准确性并不太好。另外,在下面的两个网址,有几乎整个周期表元素的 赝势下载,不过我想不出那些短寿命的超铀元素有什么用: http://www.mapr.ucl.ac.be/ABINIT http://www.theochem.uni-stuttgart.de 需要注意的是有些方法不需要输入基组,像各种半经验方法,G1, G2等等。 §2-2.基组的选择 《中国科学》B30(5),2000,419页的文章给出了一种选择基组 的方案,认为基函数的选择应该根据体系中不同原子的性质及实际的化 学环境: 1。描述一般体系时可根据该原子在元素周期表的位置从左到右依 次增加基函数用量。 2。对核负电原子,使用更多的基函数以及适当的极化函数或弥散 函数。对核正电原子,基函数用量可适当减少。 3。对正常饱和共价键原子不需要增加极化或弥散函数,对氢键、 弱相互作用体系、官能团、零价或低价态金属原子等敏感体系,要增加 极化或弥散函数。 这样就可以用适中的基组和可承受的计算量的到相当可靠的计算结 果。方案适用于HF,MPn,DFT等计算中。 在GAUSSIAN中有关的关键字是ExtraBasis和Gen。二者都是在route section指定基组的基础上,再加上附加的基函数。不同的是Gen可以自 己定义基组。实际上可并不那么简单。下面是一个使用ExtraBasis的例 子: # HF/3-21G ExtraBasis AgCl molecule specification Cl 0 6-311G(d,p) **** 这里对分子中所有的原子都使用3-21G,但是对Cl原子使用更大的 基组6-311G(d,p)。 如果计算过程中报错,一般是由于下面两点原因造成的: 1。并不是所有的基组都可以用(哪些基组适用于哪些原子需要去参考 帮助文件),即使是分别适用于不同原子的各个基组,放在一起也不 一定就行,可能有个匹配的问题。所以需要多试。 2。基组设置的顺序问题。还是看上面的例子,我认为route section 一行中设置的基组应该适用于分子中所有的原子(或者应该是比较小 的基组)——虽然在计算中并不对所有的原子都使用这个基组,而在 分子坐标下面定义的基组只要对该原子适用就可以了(一般来说是大 一些的基组)。比如,如果把上面的输入变成: # HF/6-311G(d,p) ExtraBasis AgCl molecule specification Ag 0 3-21G **** 虽然都是对Ag原子用3-21G基组,对Cl原子用6-311G(d,p)基组,但是可 能会报错。当然实际情况并不总是如此,Ag和Cl的基组哪个在前哪个在 后可能并没有太大关系,但是有时候注意基组顺序确实可以解决问题。 |
2楼2009-02-10 13:28:51
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(三)用GAUSSIAN处理激发态 §3-1.输入文件中的电子态多重度 输入文件中的多重度,指的是具有这种多重度的最低能量的电子态, 不一定就是基态,不过一般输入文件都用基态。激发态的多重度是在输 入文件的route section行控制的,如:singlets,triplets。虽然在 GAUSSIAN使用帮助中没有明说,但是从给出的例子中可以体会出来。另 外,在HyperChem的帮助文件中有类似的说明,虽然是针对HyperChem的, 但我想对GAUSSIAN一样适用。 §3-2.GAUSSIAN中研究激发态的方法 GAUSSIAN可以用CIS或者ZINDO方法计算激发态,CIS能够研究的分 子种类与使用的基组有关,GAUSSIAN中的CIS实际是对分子激发态的零 级处理。有些从头计算程序包含计算激发态的一级组态相关(FOCI)和 二级组态相关(SOCI),我不清楚是不是和CIS相对应。但是,从结果 来看,FOCI和SOCI并没有比CIS改善多少。ZINDO方法适用范围窄,只能 用于周期表前48种元素构成的分子,这里不谈。98版还新增加了含时 (TD)方法处理激发态(包括含时Hatree-Fock和含时密度泛函)。 我们一般计算的激发态称为Low-lying Excited States,也就是价 态。更高的电子态是Rydberg态。从头算法和其他半经验方法对空轨道, 特别是较高空轨道的计算结果不好,因而得到的Rydberg态的结果缺乏 明确的物理意义。 §3-3.含时方法(TD)输入方式 帮助文件对TDDFT这么重要的方法说得真是太简单了,让人去参考 CIS的输入方法,连个例子都没有。CIS的输入方法是: # CIS(Triplets,NStates=10)/3-21G Test 那就用B3LYP泛函试试看吧: # TDB3LYP(Triplets,NStates=10)/3-21G Test 但是不行。其实正确的输入方法是: # B3LYP/3-21G TD(Triplets,NStates=10)Test 这个问题浪费了我很长时间。为了表示它的重要,单独分为一节。 §3-4.CIS,TDHF,TDDFT方法激发能比较 一般来说,CIS和TDDFT方法结果的准确度是比较差的,TDDFT的结 果是最好的。而各种TDDFT相比,B3LYP,B3P86,MPW1PW91是最好的( 依具体的分子和使用的基组而不同)。可以参考文献: J. Chem. Phys., 111(7), 1999, 2889 Chem. Phys. Lett., 297(1-2), 1998, 60 J. Chem. Phys., 109(23), 1998, 10180 这些文章都是计算C,H,O组成的有机物在基态平衡位置的垂直激 发能。我对含有重元素In的分子激发态进行计算,发现如果选好基组, 有些TDDFT结果和实验值的差距甚至小于500个波数,而CIS的结果则要 差5000多个波数。所以现在使用TDDFT方法的比较多。另外还有人用 TDDFT方法计算DNA这样的大分子。 §3-5.GAUSSIAN处理激发态的BUG 1。用94版进行CIS计算,50-50选项不支持LanL2DZ和3-21G*基组。 98版则不会出现这个问题。这个问题可能还跟计算的分子有关。 2。同时计算单重激发态和三重激发态(也就是使用50-50这个选项 ),有时候会出现致命错误:某些电子态在某些位置的能量有不规则起 伏,而分开计算(使用Singlets或者Triplets选项)则不会出现这个问 题。我在计算中曾经遇见过两次。下面这个例子是从网上看到的,我想 这位德国的大哥也遇见了同样的问题。 他对同一个任务执行了三种计算: 1) #Bp86/6-31G* td=(nstates=5,50-50) scf=direct density 2) #Bp86/6-31G* td=(triplets,nstates=1) scf=direct density --link1-- #Bp86/6-31G* td=(nstates=10) scf=direct guess=read geom=check --link1-- #Bp86/6-31G* td=(triplets,nstates=10) scf=direct guess=read geom=check 3) #Bp86/6-31G* td=(nstates=10) scf=direct #Bp86/6-31G* td=(triplets,nstates=10) scf=direct density 第一种计算产生10个态(5S和5T),后两种产生20个。关键字 Density对结果没有影响。结果是: 1) 2) 3) Triplet-B1U 3.1077 3.1077 3.1077 Triplet-B3G 3.9568 3.9568 3.9568 Triplet-AG 4.1612 4.1612 4.1612 Triplet-B2U 4.1769 4.1769 4.1769 Triplet-B3G 4.2101 4.2101 4.2101 Singlet-B3G 4.3609 4.3609 4.3609 Singlet-B1U 4.3788 >4.4864 >4.4864 Singlet-B2U 4.4864 >4.6409 >4.6409 Triplet-AG 4.5752 >4.7144 >4.7144 Singlet-B3G 4.6409 > -- >5.0010 通过比较发现,对前六个态,三种处理的结果相同,但是后面的态, 使用了50-50的方法就和另外两种方法的结果不一样了。 我个人认为,尽量不要使用50-50这个选项。推荐单重态、三重态 分开计算,虽谈多花一倍时间,但是结果保险。 §3-6.画激发态的势能曲线 最笨的方法莫过于算完一个点后,更改输入文件的坐标,计算下一 个点了。这样费时费力。在优化基态几何构型的时候,可以使用Scan关 键字进行扫描,实际上Scan对激发态一样适用。这样开上一晚上计算机, 到早上所有激发态的势能曲线数据就全有了。例如计算从R=0.6埃到1.2 埃氢分子的10个单重激发态: # RCIS(NStates=10)/6-311G Scan H2 Excited States 0,1 H1 H2 H1 r r 0.6 60 0.01 需要注意三点: 1。结果给的是垂直激发能,必须换算成相对于基态平衡位置的能 量。 2。扫面范围不要离基态平衡位置太远,一般从0.75Re到2Re就可以 了,太远了会报错。 3。某些理论和某些基组的搭配可能不支持Scan,这时候就只好手 工控制了。 最后是数据处理,这一步是最枯燥的了。数据处理需要用到Excel、 Oringin、Matlab。这些软件用不着钻研很深,知道几个最基本的命令 就足够用了。 §3-7.高对称性的分子使用CIS方法 默认的CIS计算求出最低的三个激发态。以它为例,GAUSSIAN在初 始的猜测中选择电子态数目两倍的向量(也就是6个)进行迭代,直到 有三个收敛。对于大多数分子体系来说,这种默认的向量数目足够了。 但是对于高对称性的分子,则需要特殊的方案,否则不会得到比较高的 收敛态。方法是增加NStates的数量,以增加初始向量的数量。推荐 NStates值为最大阿贝尔点群操作的数量,也就是输出文件在Standard orientation之前的Symmetry部分(在输入文件中使用#就可以得到,#T 不行)。这是一个计算苯分子的例子: Stoichiometry C6H6 Framework group D6H[3C2'(HC,CH)] Deg. of freedom 2 Full point group D2H NOp 8 Largest concise Abelian subgroup D2 NOp 4 Standard orientation |
3楼2009-02-10 13:29:49
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(四)求分子的光谱常数 §4-1.求离解能 首先必须注意,原子化能和离解能不是同一个概念。帮助文件和 Exploring Chemistry with Electronic Structure Methods一书中的 解释并不确切。计算原子化能和离解能是不同的两个过程。以三原子分 子GaCl2为例,计算离解能的过程是: GaCl2(X2A1)---->Cl(2P)+GaCl(X1Σ+) 过程中的能量变化称为离解能。很明显,离解能还可以细分为第一步离 解能、第二步离解能......,上面的是计算第一步离解能,计算第二步 离解能的过程是: GaCl(X1Σ+)---->Cl(2P)+Ga(2P) 而计算原子化能的过程是: GaCl2(X2A1)---->Cl(2P)+2Ga(2P) 可见还是有区别的。不过对于双原子分子来说,这两个概念是相同的。 第二个需要注意的是,离解能一般用符号D0或者De表示(前者不包 括零点能,后者包括),但是在分子光谱中,还有一组D0和De。为避免 混淆,这里需要作特别说明。 第一组D0和De,也就是离解能,数值比较大,数量级一般在0.1到 1eV。这个参数多出现在真空-紫外、振动光谱中。有一个公式: ωe^2 ωeχe = ------- (^是指数符号) 4De 其中的De就是离解能。 第二组D0和De称为离心畸变常数,数值很小,作为转动光谱中的微 扰项。如: h^3 De = ----------------------------------- 128(π^6)(μ^3)(c^3)(re^6)(ωe^2) 其中的De就是离心畸变常数。 GAUSSIAN中有个求PH2分子的原子化能的例子,可以作为求离解能 的参考。也就是文件e7-01。结果是 原子化能 = E(P)(Hartree)+2E(H)(Hartree)-E(PH2)(Hartree) -ZPE(Hartree) = (-341.25930)+(-0.50027)*2-(-342.50942)-(0.01322) (Hartree) 其中的零点能ZPE经过了矫正 = 148.3 Kcal/mol 和实验值144.7 Kcal/mol的差距相当小了。 §4-2.求电离能 电离能缩写为I.P.。在GAUSSIAN中有两种求I.P.的方法。 法一:见文件e7-03,这个例子求PH2分子的电离能。结果为: E ZPE PH2+ -342.14416 0.01347 (ZPE经过矫正) PH2 -342.50942 0.01322 (这是上面求原子化能的结果) I.P. = (E(PH2+)+ZPE(PH2+))-(E(PH2)+ZPE(PH2)) = (-342.14416+0.01347)-(-342.50942+0.01322)(Hartree) = 0.36551(Hartree) = 9.95(eV) 法二:OVGF方法。帮助文件里有详细的使用说明。 §4-3.求激发态的光谱学参数Te,ωe,Re 有两种方法。 1。CIS可以用结构优化的方法。Starl的文章里说得很详细了,这 里不再细讲。仅仅需要补充的是,如何强制保留设置后的波函: 在使用Guess=Alter设置波函之后,程序总会回到设置前的波函。 这个时候需要使用SCF关键字中的Symm选项,强制程序保留设置以后的 波函。使用方式是在route section部分添加SCF=Symm。 2。势能曲线扫描法。 TDDFT方法不能计算激发态的波函,所以不能用来研究激发态的平 衡构型和分子属性。上面的结构优化方法用在TDDFT中就不适合了。但 是可以用势能曲线扫描的方法。如何扫描激发态的势能曲线见前面的§ 3-6节。 以双原子分子为例,有了势能曲线以后,就可以找到势能最低点Re (为了精确,这一区域的点要取密一些),Re位置的能量相对于基态平 衡位置能量的差值就是电子态高度Te。势阱的深度就是离解能De。 这些都简单,关键是求振动参数ωe。求ωe也有两种方法。一种是 用Morse势函数拟和。Morse势函数形式为: V(R) = Te+De{1-EXP[-α(R-Re)]}^2 (对基态Te是0) Te、De、Re是已知的,拟和出了α后,用公式 α = ωe ((2(π^2)c*μ)/(h*De))^0.5 (高斯单位制) 就可以得到ωe。 这种方法太麻烦,我们不这样做。实际只要把扫描出来的Morse势 函数对R求二阶导数,在Re处的导数值f2和ωe的关系有: 4(π^2)(ωe^2)c*μ f2 = -------------------- h*(10^18) 其中c、h、μ是国际单位制,ωe的单位是波数cm^-1。另外在扫描的势 函数中,De的单位是波数cm^-1,R和Re的单位是埃。否则上面的f2需要 乘上个系数。 求f2用Origin软件就可以做。注意要取Re位置的f2。有了f2,就可 以算出ωe,省去了计算De和拟合α的步骤,避免引入更大的误差。 §4-4.如何获得光谱项的对称性 如果用GAUSSIAN计算比较轻的分子,一般都能给出正确的激发态光 谱项对称性,但是对含有重原子的分子,可能得不到对称性。这个时候 就需要根据轨道跃迁的的信息获得对称性。 下面是用CIS方法LanL2DZ基组计算InCl分子的例子,输出文件给出 InCl的电子轨道信息: Occupied (SG) (SG) (PI) (PI) (SG) Virtual (PI) (PI) (SG) (PI) (PI) (SG) (PI) (PI) (SG) (SG) (SG) 这里结果只给出前4个单重激发态: CIS wavefunction symmetry could not be determined. Excited State 1: Singlet-?Sym 4.9226 eV 251.87 nm f=0.3243 5 -> 6 .43587 5 -> 7 .54909 This state for optimization and/or second-order correction. Copying the Cisingles density for this state as the 1-particle RhoCI density. CIS wavefunction symmetry could not be determined. Excited State 2: Singlet-?Sym 4.9226 eV 251.87 nm f=0.3243 5 -> 6 .54909 5 -> 7 -.43587 Excited State 3: Singlet-SG 6.7609 eV 183.38 nm f=0.2830 3 -> 6 -.28038 4 -> 7 -.28038 5 -> 8 .57818 CIS wavefunction symmetry could not be determined. Excited State 4: Singlet-?Sym 6.8241 eV 181.68 nm f=0.0000 3 -> 7 .49690 4 -> 6 -.49690 由于In原子是重原子,所以大多数电子态并没有给出对称性(第三 个激发态除外)。我们发现第一激发态是从第五个轨道跃迁到第六、七 个轨道,而第六、七两个轨道是简并的(PI、DELT轨道都是二重简并的 )。也就是说第一激发态的电子组态是: InCl: (内层电子)(1σ)2 (2σ)2 (1π)4 (3σ)1 (2π)1 这个组态耦合出来的单重态光谱项有一种(当然还有一个三重的): 1Π,所以就是1Π态。再往下看,第二激发态和第一激发态的电子组态、 能量完全相同,说明这是一个简并态,而实际上除了Σ态以外的态都是 二度简并的。所以第一激发态和第二激发态实际都是InCl的第一激发态 1Π态。 第三个激发态给出对称性了。如果没给,方法和上面的一样,先找 到它的电子组态,它是由两个组态叠加而成的: InCl: (内层电子)(1σ)2 (2σ)2 (1π)3 (3σ)2 (2π)1 InCl: (内层电子)(1σ)2 (2σ)2 (1π)4 (3σ)1 (4σ)1 这个组态耦合出来的单重态光谱项有一种(当然还有一个三重的): 1Π,所以就是1Π态。再往下看,第二激发态和第一激发态的电子组态、 能量完全相同,说明这是一个简并态,而实际上除了Σ态以外的态都是 二度简并的。所以第一激发态和第二激发态实际都是InCl的第一激发态 1Π态。 第一个组态可以耦合出的单重态光谱项有:1Δ,1Σ+,1Σ-。因 为这不是一个简并态,所以只能是1Σ+和1Σ-其中之一。这就需要进一 步知道+、-对称性。方法是看跃迁系数: 3 -> 6 -.28038 4 -> 7 -.28038 由于正负号相同,所以是1Σ+态。那么第四激发态必然是1Σ-了。 另外还可以看第二个组态耦合出来的光谱项,只有1Σ+,因此第三 个激发态必然是1Σ+。两个结果一致。 |
4楼2009-02-10 13:30:24
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10楼2009-02-28 12:28:44












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